| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,483,772 | C→A | 7.7% | A139A (GCG→GCT) | pabA ← | aminodeoxychorismate synthase, subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,483,772 | 0 | C | A | 7.7% | 1028.5 / 36.4 | 273 | A139A (GCG→GCT) | pabA | aminodeoxychorismate synthase, subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (133/119); new base A (14/7); total (147/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
TCAGCGATGCAGGAAATTAGCCAGCAGTTGATGTCCTTGTTCGCTAAGAATACTTTCTGGATGGAACTGCACACCTTCCAGATCCCACTGGCGATGGCGAATCCCCATAATCTCTCGGGTTTCGCTCCAGGCCGTCACGTCAAAGCACGCTGGTAATGAGTCAGGTTCCACCACCAGCGAATGGTAGCGTGTCACGGTAAGTGGATTTGCCAGCCCCCGAAATACGCCCTCACCGTTATGTGTAATCGGCGAGGTTTTGCCGTGCATGACCTTTGCGGCGCGCACAACTTTACC > CP009273/3483625‑3483918 | tCAGCGATGCAGGAAATTAGCCAGCAGTTGATGTCCTTGTTCGCTAAGAATACTTTCTGGATGGAACTGCACACCTTCCAGATCCCACTGGCGATGGCGAATCCCCATAATCTCTCGGGTTTCGCTCCAGGCCGTCACGTCAAAGCACg > 1:4752958/1‑149 (MQ=255) aGCGATGCAGGAAATTAGCCAGCAGTTGATGTCCTTGTTCGCTAAGAATACTTTCTGGATGGAACTGCACACCTTCCAGATCCCACTGGCGATGGCGAATCCCCATAATCTCTCGGGTTTCGCTCCAGGCCGTCACGTCAAAGCACGCt > 2:4319767/1‑149 (MQ=255) aGCGATGCAGGAAATTAGCCAGCAGTTGATGTCCTTGTTCGCTAAGAATACTTTCTGGATGGAACTGCACACCTTCCAGATCCCACTGGCGATGGCGAATCCCCATAATCTCTCGGGTTTCGCTCCAGGCCGTCACGTCAAAGCACGCt > 2:1993587/1‑149 (MQ=255) gCGATGCAGGAAATTAGCCAGCAGTTGATGTCCTTGTTCGCTAAGAATACTTTCTGGATGGAACTGCACACCTTCCAGATCCCACTGGCGATGGCGAATCCCCATAATCTCTCGGGTTTCGCTCCAGGCCGTCACGTCAAAGCACGCTg > 1:1045707/1‑149 (MQ=255) gCGATGCAGGAAATTAGCCAGCAGTTGATGTCCTTGTTCGCTAAGAATACTTTCTGGATGGAACTGCACACCTTCCAGATCCCACTGGCGATGGCGAATCCCCATAATCTCTCGGGTTTCGCTCCAGGCCGTCACGTCAAAGCACGCTg > 1:2377694/1‑149 (MQ=255) cGATGCAGGAAATTAGCCAGCAGTTGATGTCCTTGTTCGCTAAGAATACTTTCTGGATGGAACTGCACACCTTCCAGATCCCACTGGCGATGGCGAATCCCCATAATCTCTCGGGTTTCGCTCCAGGCCGTCACGTCAAAGCACGCTgg < 2:4449885/149‑1 (MQ=255) aTGCAGGAAATTAGCCAGCAGTTGATGTCCTTGTTCGCTAAGAATACTTTCTGGATGGAACTGCACACCTTCCAGATCCCACTGGCGATGGCGAATCCCCATAATCTCTCGGGTTTCGCTCCAGGCCGTCACGTCAAAGCACGCTGGTa > 2:131546/1‑149 (MQ=255) aTGCAGGAAATTAGCCAGCAGTTGATGTCCTTGTTCGCTAAGAATACTTTCTGGATGGAACTGCACACCTTCCAGATCCCACTGGCGATGGCGAATCCCCATAATCTCTCGGGTTTCGCTCCAGGCCGTCACGTCAAAGCACGCTGGTa > 2:131669/1‑149 (MQ=255) cAGGAAATTAGCCAGCAGTTGATGTCCTTGTTCGCTAAGAATACTTTCTGGATGGAACTGCACACCTTCCAGATCCCACTGGCGATGGCGAATCCCCATAATCTCTCGGGTTTCGCTCCAGGCCGTCACGTCAAAGCACGCTGGTAATg < 1:4468201/149‑1 (MQ=255) ggAAATTAGCCAGCAGTTGATGTCCTTGTTCGCTAAGAATACTTTCTGGATGGAACTGCACACCTTCCAGATCCCACTGGCGATGGCGAATCCCCATAATCTCTCGGGTTTCGCTCCAGGCCGTCACGTCAAAGCACGCTGGTAATGAg < 1:1651105/149‑1 (MQ=255) gAAATTAGCCAGCAGTTGATGTCCTTGTTCGCTAAGAAAACTTTCTGGATGGAACTGCACACCTTCAAGATCCCACTGGCGATGGCGAATCCCCATAATCACTCGGGTTTCGCTCCAGGCCGTCACGTCAAAGCACGCTGGTAATGAGt > 2:2244975/1‑149 (MQ=255) aGCCAGCAGTTGATGTCCTTGTTCGCTAAGAATACTTTCTGGATGGAACTGCACACCTTCCAGATCCCACTGGCGATGGCGAATCCCCATAATCTCTCGGGTTTCGCTCCAGGCCGTCACGTCAAAGCACGCTGGTAATGAGTCAGGtt > 2:3249708/1‑149 (MQ=255) aGCCAGCAGTTGATGTCCTTGTTCGCTAAGAATACTGTCTGGATGGAACTGCACACCTTCCAGATCCCACTGGCGATGGCGAATCCCCATAATCTCTCGGGTTTCGCTCCAGGCCGTCACGTCAAAGCACGCTGGTAATGAGTCAGGtt < 2:3544385/149‑1 (MQ=255) 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aGCACGCTGGTAATGAGTCAGGTTCCACCACCAGCGAATGGTAGCGTGTCACGGTAAGTGGATTTGCCAGCCCCCGAAATACGCCCTCACCGTTATGTGTAATCGGCGAGGTTTTGCCGTGCATGACCTTTGCGGCGCGCACAACTTTa < 1:3700955/149‑1 (MQ=255) cACGCTGGTAATGAGTCAGGTTCCACCACCAGCGAATGGTAGCGTGTCACGGTAAGTGGATTTGCCAGCCCCCGAAATACGCCCTCACCGTTATGTGTAATCGGCGAGGTTTTGCCGTGCATGACCTTTGCGGCGCGCACAACTTTAcc < 2:3243810/149‑1 (MQ=255) | TCAGCGATGCAGGAAATTAGCCAGCAGTTGATGTCCTTGTTCGCTAAGAATACTTTCTGGATGGAACTGCACACCTTCCAGATCCCACTGGCGATGGCGAATCCCCATAATCTCTCGGGTTTCGCTCCAGGCCGTCACGTCAAAGCACGCTGGTAATGAGTCAGGTTCCACCACCAGCGAATGGTAGCGTGTCACGGTAAGTGGATTTGCCAGCCCCCGAAATACGCCCTCACCGTTATGTGTAATCGGCGAGGTTTTGCCGTGCATGACCTTTGCGGCGCGCACAACTTTACC > CP009273/3483625‑3483918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |