Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 290,012 | C→T | 86.7% | D167N (GAT→AAT) | yagM ← | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 290,012 | 0 | C | T | 86.7% | 713.4 / 90.8 | 255 | D167N (GAT→AAT) | yagM | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/14); new base T (116/105); total (136/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
TTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAA > CP009273/289865‑290157 | cAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAAt < 2:2693485/149‑1 (MQ=255) aaGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAAtt > 2:3364116/1‑149 (MQ=255) agagTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAAttt < 2:856782/149‑1 (MQ=255) gagTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAAtttt 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |