| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,593,067 | T→C | 21.0% | intergenic (‑49/+222) | livJ ← / ← rpoH | leucine/isoleucine/valine transporter subunit/RNA polymerase, sigma 32 (sigma H) factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,593,067 | 0 | T | C | 21.0% | 563.8 / 165.3 | 265 | intergenic (‑49/+222) | livJ/rpoH | leucine/isoleucine/valine transporter subunit/RNA polymerase, sigma 32 (sigma H) factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (86/122); new base C (25/30); total (111/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
TTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGG > CP009273/3592919‑3593212 | ttGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCATAGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATACTGAGAATCCCCATTCTTATGGTTATTACGTGTGTTTTGATGTTGttt > 2:2653225/1‑149 (MQ=255)ttGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGttt < 2:1571776/149‑1 (MQ=255)ttGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGttt < 2:3817873/149‑1 (MQ=255) gcCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCa < 1:3369036/149‑1 (MQ=255) cccACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAg > 2:4676565/1‑149 (MQ=255) cgACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTAttt < 1:281996/149‑1 (MQ=255) cTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGt < 2:803716/149‑1 (MQ=255) tAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGtttt < 2:4441409/149‑1 (MQ=255) tAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGtttt < 1:307427/149‑1 (MQ=255) tAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGtttt < 2:2515745/149‑1 (MQ=255) aaTATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTCTTCAGCACTTTATTTCGTTTTa > 1:2657828/1‑149 (MQ=255) atatCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTAt > 1:2050021/1‑149 (MQ=255) tatCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTCTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATg < 1:2891932/149‑1 (MQ=255) tcttctGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGAACTTTATTTCGTTTTATGCa > 2:529516/1‑149 (MQ=255) cttctGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCAt < 1:1806534/149‑1 (MQ=255) cttctGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTCTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCAt < 1:356901/149‑1 (MQ=255) ctGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGAc > 1:2404826/1‑149 (MQ=255) ccAGATCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTAc < 2:97543/149‑1 (MQ=255) cAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTAcc > 1:4674918/1‑149 (MQ=255) agagCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTAccc > 2:2751536/1‑149 (MQ=255) gagCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCg > 2:3861302/1‑149 (MQ=255) atatTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCtt > 1:3984581/1‑149 (MQ=255) tatTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCttt > 1:4379041/1‑149 (MQ=255) tatTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCttt > 2:1282161/1‑149 (MQ=255) atTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTa < 2:4627939/149‑1 (MQ=255) ttGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACGTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTag > 2:3304367/1‑149 (MQ=255) tGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCTCTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTagcagc > 1:115603/1‑149 (MQ=255) aaTGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTCTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCAt < 1:3046452/149‑1 (MQ=255) aTGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTCTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATa > 2:152631/1‑149 (MQ=255) gCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTCTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATAct < 1:2436094/149‑1 (MQ=255) ccAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATActc < 2:4002915/149‑1 (MQ=255) cAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATActct > 2:1806113/1‑149 (MQ=255) aGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTg > 1:2544361/1‑149 (MQ=255) 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aCATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACa < 1:124553/149‑1 (MQ=255) tCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATAc > 2:2612231/1‑149 (MQ=255) tCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATAc < 2:382473/149‑1 (MQ=255) cAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGAtt > 2:356454/1‑149 (MQ=255) cAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGAtt > 2:1031296/1‑149 (MQ=255) 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cGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATg > 2:2526712/1‑149 (MQ=255) cTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGat > 1:1660626/1‑149 (MQ=255) cTTTACCCTTTATGGTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGGGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGat < 2:2576426/149‑1 (MQ=255) cTTGACCCTTTATGTTCAGCCTGAGAATCCCCATTCGTCTGGTTAGTACGTGTGTTGTGATGTTGATTTTCAGCACTTTATGTCGGTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGat < 2:402043/149‑1 (MQ=255) tttACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGata < 1:1936874/149‑1 (MQ=255) 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gttTTTCAGCATTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAggg < 1:4362243/149‑1 (MQ=255) gttTTTCAGCATTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAggg < 1:812070/149‑1 (MQ=255) | TTGCGCCCACGACCGCGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGATTGGCGTTTTGCCGGAGGG > CP009273/3592919‑3593212 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |