| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,600,454 | G→T | 8.0% | R215L (CGA→CTA) | zntA → | zinc, cobalt and lead efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,600,454 | 0 | G | T | 8.0% | 1240.0 / 47.5 | 338 | R215L (CGA→CTA) | zntA | zinc, cobalt and lead efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (179/131); new base T (20/8); total (199/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
CCGATTGCTCGTCAGGCATTACGGTTGATCAAATCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAATGGCGCTGAAACCAGAAACCGCCACGCGCCTGCGTAAGGGTGAGCGGGAAGAGGTGGCGATTAACAGCCTGCGCCCTGGCGATGTGATTGAAGTCGCC > CP009273/3600306‑3600602 | tGCTCGTCAGGCATTACGGTTGATCAAATCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTgg > 1:2686391/1‑149 (MQ=255) gTCAGGCATTACGGTTGATCAAATCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACTACTGGAAGGc < 2:300476/149‑1 (MQ=255) gTCAGGCATTACGGTTGATCAAATCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGc > 1:833829/1‑149 (MQ=255) tCAGGCATTACGGTTGATCAAATCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCt > 1:1010970/1‑149 (MQ=255) cAGGCATTACGGTTGATCAAATCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTg > 2:3378301/1‑149 (MQ=255) aGGCATTACGGTTGATCAAATCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTgg > 2:4688192/1‑149 (MQ=255) ggCATTACGGTTGATCAAATCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTCTTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTggg > 2:2812909/1‑149 (MQ=255) ggCATTACGGTTGATCAAATCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCACCGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTggg < 2:1548674/149‑1 (MQ=255) gCATTACGGTTGATCAAATCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACGGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGgc < 1:2230117/149‑1 (MQ=255) cATTACGGTTGATCAAATCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGgcc < 2:1663740/149‑1 (MQ=255) tACGGTTGATCAAATCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGgccgcc > 1:2768332/1‑149 (MQ=255) gTTGATCAAATCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGcc > 2:1088438/1‑149 (MQ=255) gTTGATCAAATCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGcc > 2:852821/1‑149 (MQ=255) aaTCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGt > 2:4469774/1‑149 (MQ=255) aaTCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGt > 2:1902299/1‑149 (MQ=255) tCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCa < 2:2093648/149‑1 (MQ=255) tCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCa > 2:4284552/1‑149 (MQ=255) tCCGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCa < 1:3445228/149‑1 (MQ=255) cGGCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAgg > 1:166367/1‑149 (MQ=255) ggCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAggg < 2:399143/149‑1 (MQ=255) gCAGCTACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCGAGTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGc > 1:3634061/1‑149 (MQ=255) tACTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAg > 2:2198749/1‑149 (MQ=255) aCTTCGCCATTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAgc > 1:2916447/1‑149 (MQ=255) aTTGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAAt > 1:791109/1‑149 (MQ=255) tGAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAATgg < 2:2311376/149‑1 (MQ=255) tGAAACCTTAATGAGCGGAGCCGCGATTGGTGCACTGTTTAGTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAATgg < 1:3703428/149‑1 (MQ=255) gAAACCTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAATGgc > 2:485071/1‑149 (MQ=255) cTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAATGGCGCTGa < 2:4391363/149‑1 (MQ=255) cTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAATGGCGCTGa > 2:2894983/1‑149 (MQ=255) cTTAATGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAATGGCGCTGa > 2:2043349/1‑149 (MQ=255) aTGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAATGGCGCTGAAAcc > 1:4486771/1‑149 (MQ=255) tGAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAATGGCGCTGAAACCa > 1:1179327/1‑149 (MQ=255) gAGCGTAGCCGCTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAATGGCGCTGAAACCAg > 1:62883/1‑149 (MQ=255) 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cTATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAATGGCGCTGAAACCAGAAACCGCCAcg > 1:4069775/1‑149 (MQ=255) tATTGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAATGGCGCTGAAACCAGAAACCGCCAcgc < 2:4766117/149‑1 (MQ=255) ttGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAATGGCGCTGAAACCAGAAACCGCCACgcgc > 2:2577873/1‑149 (MQ=255) tGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAATGGCGCTGAAACCAGAAACCGCCACGCGcc < 2:3666521/149‑1 (MQ=255) tGGTGCACTGTTTATTGGCGCAACGGCTGAAGCTGCGATGGTGTTGCTGCTGTTTTTGATTGGTGAACGACTGGAAGGCTGGGCCGCCAGCCGCGCGCGTCAGGGCGTTAGCGCGTTAATGGCGCTGAAACCAGAAACCGCCACGCGcc < 2:126482/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |