| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,736,722 | C→A | 28.5% | G210G (GGC→GGA) | yiaK → | 2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,736,722 | 0 | C | A | 28.5% | 591.9 / 193.4 | 285 | G210G (GGC→GGA) | yiaK | 2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (98/105); new base A (40/41); total (138/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
GCCATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGCATTT > CP009273/3736576‑3736870 | gCCATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGt < 2:3236291/149‑1 (MQ=255)gCCATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGt < 2:370704/149‑1 (MQ=255) ccATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGtt > 1:2347840/1‑149 (MQ=255) 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gCGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGCAtt > 2:2861539/1‑149 (MQ=255) gCGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGCAtt > 1:4760677/1‑149 (MQ=255) | GCCATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGCATTT > CP009273/3736576‑3736870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |