| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,747,927 | 0 | A | T | 7.0% | 1472.5 / 73.4 | 458 | intergenic (‑139/+406) | yiaW/aldB | DUF3302 family inner membrane protein/aldehyde dehydrogenase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (251/175); new base T (20/12); total (271/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 466 total aligned reads displayed.
CCAGGAACATATTTCCCTCAAAGAATATAAAAAAGAACAATTAACGCATATTATGAAATGCCATGATGCAGTGCAATTTCCTTATTTATATAACGACATATTGTTTTTTATATACTTTCTTAAATGTGCTGTCTGGTTTTTCAACAGGACGAGGTTTATCATATTGAAATAGTGGAACTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTAC > CP009273/3747779‑3748075 | ccAGGAACATATTTCCCTCAAAGAATATAAAAAAGAACAATTAACGCATATTATGAAATGCCATGATGCAGTGCAATTTCCTTATTTATATAACGACATATTGTTTTTTATATACTTTCTTAAATGTGCTGTCTGGTTTTTAATCAGGa > 2:3645344/1‑149 (MQ=255)ccAGGAACATATTTCCCTCAAAGAAGATAAAAAAGAACAATTAACGCATATTATGAAATGCCATGATGCAGTGCAATTTCCTTATTTATATAACGACATATTGTTTTTTATATACTTTCTTAAATGTGCTGTCTGGTTTTTCAACAGGa < 2:171934/149‑1 (MQ=255) aaCATATTTCCCTCAAAGAATATAAAAAAGAACAATTAACGCATATTATGAAATGCCATGATGCAGTGCAATTTCCTTATTTATATAACGACATATTGTTTTTTATATACTTTCTTAAATGTGGTGTCTGGTTTTTCAACAGGACGAgg > 2:334173/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |