| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 309,541 | C→A | 5.4% | intergenic (‑25/‑527) | ykgP ← / → eaeH | pseudogene, oxidoreductase family/pseudogene, attaching and effacing protein homology;factor; Not classified |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 309,541 | 0 | C | A | 5.4% | 909.5 / 18.3 | 239 | intergenic (‑25/‑527) | ykgP/eaeH | pseudogene, oxidoreductase family/pseudogene, attaching and effacing protein homology;factor; Not classified |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (116/110); new base A (8/5); total (124/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TTGATAGTTTTACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCATAAAAAA > CP009273/309393‑309689 | tAGTTTTACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTaa < 2:1762745/149‑1 (MQ=255) tAGTTTTACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTaa < 2:187286/149‑1 (MQ=255) gTTTTACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAg > 2:796857/1‑149 (MQ=255) gTTTTACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAg > 1:4572054/1‑149 (MQ=255) ttACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGa < 2:607092/149‑1 (MQ=255) ttACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGa < 1:3599257/149‑1 (MQ=255) tACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGaa < 2:1637435/149‑1 (MQ=255) aCTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGaaa < 1:846066/149‑1 (MQ=255) aCTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGaaa < 2:1052246/149‑1 (MQ=255) tctcGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAg < 2:392156/149‑1 (MQ=255) gggAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCg < 1:3969716/149‑1 (MQ=255) ggAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGa > 1:3996697/1‑149 (MQ=255) gaATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTa > 2:2672931/1‑149 (MQ=255) aataatAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTTTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAg > 1:1718784/1‑149 (MQ=255) aataatAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAg > 1:2274156/1‑149 (MQ=255) taataGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGAc < 2:2863958/149‑1 (MQ=255) taataGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGAc < 2:1449740/149‑1 (MQ=255) ataGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACgg > 1:1678710/1‑149 (MQ=255) taGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGc < 2:4257614/149‑1 (MQ=255) aGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCa > 2:2444576/1‑149 (MQ=255) aGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCa > 1:3589646/1‑149 (MQ=255) gATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGACAAGCTCGATTAGACGGCAg > 1:1904971/1‑149 (MQ=255) gATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAg > 1:789958/1‑149 (MQ=255) gATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAg > 1:2460478/1‑149 (MQ=255) gATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAg > 2:1112978/1‑149 (MQ=255) atTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAAt > 1:350839/1‑149 (MQ=255) atTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAAt > 1:3552263/1‑149 (MQ=255) atTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAAt < 1:1127678/149‑1 (MQ=255) tttAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAAtt > 1:748837/1‑149 (MQ=255) tttAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAAtt > 2:1977108/1‑149 (MQ=255) ttAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAAttt > 2:4769511/1‑149 (MQ=255) aTCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTc > 1:4402222/1‑149 (MQ=255) cATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGACGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAgg > 2:4182822/1‑149 (MQ=255) cATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAgg > 2:2612480/1‑149 (MQ=255) ttAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAgggg > 1:1531329/1‑149 (MQ=255) aaCGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGtt > 2:902024/1‑149 (MQ=255) aCGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTa < 2:4375441/149‑1 (MQ=255) ggAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATg < 1:315142/149‑1 (MQ=255) ggAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATg > 1:549767/1‑149 (MQ=255) gAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGa > 2:4577039/1‑149 (MQ=255) ccagccagTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGa > 2:1008092/1‑149 (MQ=255) agccagTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGaaa < 1:779234/149‑1 (MQ=255) gccagTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAAt > 1:2901045/1‑149 (MQ=255) ccagTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAAtt > 1:3715971/1‑149 (MQ=255) ccagTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAAtt > 1:4754084/1‑149 (MQ=255) ttCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCt < 1:146809/149‑1 (MQ=255) tCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTg > 2:380497/1‑149 (MQ=255) cGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGt < 1:14561/149‑1 (MQ=255) gATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGtt > 2:1326288/1‑149 (MQ=255) gATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGtt > 1:2526996/1‑149 (MQ=255) tGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTg < 1:1934544/149‑1 (MQ=255) ccTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAg > 2:530687/1‑149 (MQ=255) tGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGa < 1:475167/149‑1 (MQ=255) tGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGa < 1:4505380/149‑1 (MQ=255) aTCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATg < 2:1407253/149‑1 (MQ=255) tCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATgg > 1:889918/1‑149 (MQ=255) tCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATgg > 1:2697630/1‑149 (MQ=255) tCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATgg < 1:1499845/149‑1 (MQ=255) tCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATgg > 2:2745667/1‑149 (MQ=255) ccATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGt > 1:3345288/1‑149 (MQ=255) gTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGc > 1:4520750/1‑149 (MQ=255) tCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGtt > 1:200601/1‑149 (MQ=255) ccGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTc < 2:3788165/149‑1 (MQ=255) ggAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGa < 2:4285974/149‑1 (MQ=255) gAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGat > 2:1486516/1‑149 (MQ=255) tGGTTAATTCATGATCAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCAGAACGTAATGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTTTGAACGAAATTCATAATTCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATAtc < 1:2954461/149‑1 (MQ=255) tGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATAtc < 1:1650868/149‑1 (MQ=255) tGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATAtc > 2:2106171/1‑149 (MQ=255) aTTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCa > 1:1156546/1‑149 (MQ=255) ttCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCaa < 2:3439250/149‑1 (MQ=255) tCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAAt < 1:31270/149‑1 (MQ=255) cATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAAtt < 1:3397471/149‑1 (MQ=255) aTGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAAttt > 2:1039486/1‑149 (MQ=255) tGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTa < 1:1326288/149‑1 (MQ=255) tGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTa < 1:2325728/149‑1 (MQ=255) tGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAAGTCATAAATCTGTTGGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGAGATCTCCGCAATTTa < 2:1265682/149‑1 (MQ=255) aCAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAg > 1:629056/1‑149 (MQ=255) aaGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTc < 1:3908969/149‑1 (MQ=255) gTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCg < 2:2760250/149‑1 (MQ=255) ttGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGa < 1:3077303/149‑1 (MQ=255) gtgtTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATg < 1:4481159/149‑1 (MQ=255) gtTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGaa > 2:2394841/1‑149 (MQ=255) gtTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGaa > 2:153/1‑149 (MQ=255) ttATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAg > 2:848693/1‑149 (MQ=255) ttATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAg < 2:3012570/149‑1 (MQ=255) ttATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAg > 1:405341/1‑149 (MQ=255) cGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGaaa > 2:2184119/1‑149 (MQ=255) gTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGaaaa < 1:2111072/149‑1 (MQ=255) ttCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAAt > 1:3905659/1‑149 (MQ=255) ttCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAAt < 1:1427359/149‑1 (MQ=255) tCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATg < 2:3097092/149‑1 (MQ=255) aTGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGaa > 2:3671187/1‑149 (MQ=255) tGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAat < 2:3165970/149‑1 (MQ=255) tGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAat < 2:775103/149‑1 (MQ=255) gaAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATc < 1:4153855/149‑1 (MQ=255) aaGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATcc < 1:1847695/149‑1 (MQ=255) aaGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATcc > 2:2509118/1‑149 (MQ=255) gCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCAt < 1:2718215/149‑1 (MQ=255) aTAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCATaa > 2:2283689/1‑149 (MQ=255) cGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCATaaaaaa < 1:4279872/149‑1 (MQ=255) | TTGATAGTTTTACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCATAAAAAA > CP009273/309393‑309689 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |