| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,792,145 | C→A | 5.5% | L176L (CTG→CTT) | waaU ← | lipopolysaccharide core biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,792,145 | 0 | C | A | 5.5% | 977.2 / 21.1 | 255 | L176L (CTG→CTT) | waaU | lipopolysaccharide core biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (124/117); new base A (6/8); total (130/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
CGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCGTAGTTGGTGGAAAATTTACCCTCACCATAAATATGCTTCAGTATTTCTATTGCTCGTGTACTCATATGTTCTTTTAAACATTCATCGTGGGGATGGTAAAATGAATAGTAACGCTTATACCAATGATCAAAACCCAGAATGTAAGAATCTTTTAAACTTGATAATATTAAGCTATGCTTAAATGAGG > CP009273/3791998‑3792293 | tAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCGTAGTTGGTGGAAAATTTACCCTCACCATAAATATGCTTAAGt > 1:4288190/1‑149 (MQ=255) aaGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATTGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTAGTAGTTGGTGGAAAATTTACCCTCACCATAAATATGCTTCAGTa < 2:289475/149‑1 (MQ=255) cGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCGTAGTTGGTGGAAAATTTACCCTCACCATAAATATGCTTCAGTATTTc < 1:3147087/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |