Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,879,935 | 0 | C | A | 5.9% | 1033.1 / 23.7 | 267 | V500V (GTC→GTA) | yidC | membrane protein insertase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (143/107); new base A (8/9); total (151/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
TTGCACTGTGGATCCACGACCTGTCGGCACAGGACCCGTACTACATCCTGCCGATCCTGATGGGCGTAACGATGTTCTTCATTCAGAAGATGTCGCCGACCACAGTGACCGACCCGATGCAGCAGAAGATCATGACCTTTATGCCGGTCATCTTCACCGTGTTCTTCCTGTGGTTCCCGTCAGGTCTGGTGCTGTACTATATCGTCAGCAACCTGGTAACCATTATTCAGCAGCAGCTGATTTACCGTGGTCTGGAAAAACGTGGCCTGCATAGCCGCGAGAAGAAAAAATCCTGAT > CP009273/3879787‑3880083 | ttGCACTGTGGATCCACGACCTGTCGGCACAGGACCCGTACTACATCCTGCCGATCCTGATGGGCGTAACGATGTTCTTCATTCAGAAGATGTCGCCGACCACAGTGACCGACCCGATGCAGCAGAAGATCATGACCTTTATGCCGGTc < 2:4747736/149‑1 (MQ=255) tGCACTGTGGATCCACGACCTGTCGGCACAGGACCCGTACTACATCCTGTCGATCCTGATGGGCGTAACGATGTTCTTCATTCAGAAGATGTCGCCGACCACAGTGACCGACCCGATGCAGCAGAAGATCATGACCTTTATGCCGGTCa < 1:706133/149‑1 (MQ=255) tGCACTGTGGATCCACGACCTGTCGGCACAGGACCCGTACTACATCCTGCCGATCCTGATGGGCGTAACGATGTTCTTCATTCAGAAGATGTCGCCGACCACAGTGACCGACCCGATGCAGCAGAAGATCATGACCTTTATGCCGGTCa < 2:3095295/149‑1 (MQ=255) 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ggTCATCTTCACCGTGTTCTTCCTGTGGTTCCCGTCAGGTCTGGTGCTGTACTATATCGTCAGCAACCTGGTAACAATTATTCAGCAGCAGCTGATTTACCGTGGTCTGGAAAAACGTGGCCTGCATAGCCGCGAGAAGAAAAAATCCt > 1:2645402/1‑149 (MQ=255) tCATCTTCACCGTGTTCTTCCTGTGGTTCCCGTCAGGTCTGGTGCTGTACTATATCGTCAGCAACCTGGTAACCATTATTCAGCAGCAGCTGATTTACCGTGGTCTGGAAAAACGTGGCCTGCATAGCCGCGAGAAGAAAAAATCCTGa < 1:1416848/149‑1 (MQ=255) | TTGCACTGTGGATCCACGACCTGTCGGCACAGGACCCGTACTACATCCTGCCGATCCTGATGGGCGTAACGATGTTCTTCATTCAGAAGATGTCGCCGACCACAGTGACCGACCCGATGCAGCAGAAGATCATGACCTTTATGCCGGTCATCTTCACCGTGTTCTTCCTGTGGTTCCCGTCAGGTCTGGTGCTGTACTATATCGTCAGCAACCTGGTAACCATTATTCAGCAGCAGCTGATTTACCGTGGTCTGGAAAAACGTGGCCTGCATAGCCGCGAGAAGAAAAAATCCTGAT > CP009273/3879787‑3880083 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |