| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,926,618 | G→T | 5.8% | intergenic (+74/‑93) | kup → / → rbsD | potassium transporter/putative cytoplasmic sugar‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,926,618 | 0 | G | T | 5.8% | 1038.4 / 23.4 | 279 | intergenic (+74/‑93) | kup/rbsD | potassium transporter/putative cytoplasmic sugar‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (124/137); new base T (5/13); total (129/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
GCTGCGTGCACCAGATCAATTTGAAATCCCGCCAAACAGGGTTATCGAACTGGGTACTCAGGTCGAAATCTAACGCCAGACGCCTCCTTTCTTCATAAGGGGGCGTTTTTGTTTTCATGGTTAATCACCATGTAAAACGTTTCGAGGTTGATCACATTTCCGTAACGTCACGATGGTTTTCCCAACTCAGTCAGGATTAAACTGTGGGTCAGCGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGG > CP009273/3926472‑3926766 | gcTGCGTGCACCAGATCAATTTGAAATCCCGCCAAACAGGGTTATCGAACTGGGTACTCAGGTCGAAATCTAACGCCAGACGCCTCCTTTCTTCATAAGGGGGCGTTTTTGTTTTCATGGTTAATCACCATGTAAAACGTTTCGAGGtt < 2:93938/149‑1 (MQ=255)gcTGCGTGCACCAGATCAATTTGAAATCCCGCCAAACAGGGTTATCGAACTGGGTACTCAGGTCGAAATCTAACGCCAGACGCCTCCTTTCTTCATAAGGGGGCGTTTTTGTTTTCATGGTTAATCACCATGTAAAACGTTTCGAGGtt > 2:4607897/1‑149 (MQ=255) cTGCGTGCACCAGATCAATTTGAAATCCCGCCAAACAGGGTTATCGAACTGGGTACTCAGGTCGAAATCTAACGCCAGACGCCTCCTTTCTTCATAAGGGGGCGTTTTTGTTTTCATGGTTCATCACCATGTAAAACGTTTCGAGGTTg > 2:628085/1‑149 (MQ=255) 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aGGTTGATCACATTTCCGTAACGTCACGATGGTTTTCCCAACTCAGTCAGGATTAAACTGTGGGTCAGCGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATTAAAAAATGCACCGGTCTTAATTCTGATATTTAATCGGTGATCTCCCGTcag > 1:3577354/1‑147 (MQ=255) aGGTTGATCACATTTCCGTAACGTCACGATGGTTTTCCCAACTCAGTCAGGATTAAACTGTGGGTCAGCGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTg < 1:978832/149‑1 (MQ=255) | GCTGCGTGCACCAGATCAATTTGAAATCCCGCCAAACAGGGTTATCGAACTGGGTACTCAGGTCGAAATCTAACGCCAGACGCCTCCTTTCTTCATAAGGGGGCGTTTTTGTTTTCATGGTTAATCACCATGTAAAACGTTTCGAGGTTGATCACATTTCCGTAACGTCACGATGGTTTTCCCAACTCAGTCAGGATTAAACTGTGGGTCAGCGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGG > CP009273/3926472‑3926766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |