| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,972,942 | C→A | 7.5% | H328N (CAC→AAC) | wzyE → | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,972,942 | 0 | C | A | 7.5% | 1171.2 / 36.7 | 312 | H328N (CAC→AAC) | wzyE | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (176/112); new base A (14/10); total (190/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
TTGCAGAACTACGACAACATCGACTTCCAGGGCCTGGCTCCAATTGTCCGCGATTTCTATGTCTTTATCCCTTCCTGGCTGTGGCCGGGTCGCCCGAGTATGGTGCTGAACTCAGCCAACTACTTTACCTGGGAAGTGCTGAATAACCACTCCGGACTGGCGATCTCGCCTACGCTTATAGGCTCACTGGTGGTGATGGGCGGCGCGTTGTTCATCCCGCTCGGGGCGATCGTGGTTGGTCTGATCATCAAATGGTTCGACTGGCTGTATGAGCTGGGCAACCGCGAGCCTAATC > CP009273/3972795‑3973089 | ttGCAGAACTACGACAACATCGACTTCCAGGGCCTGGCTCCAATTGTCCGCGATTTCTATGTCTTTATCCCTTCCTGGCTGTGGCCGGGTCGCCCGAGTATGGTGCTGAACTCAGCCAACTACTTTACCTGGGAAGTGCTGAATAACCa > 2:4089549/1‑149 (MQ=255) aGAACTACGACAACATCGACTTCCAGGGCCTGGCTCCAATTGTCCGCGATTTCTATGTCTTTATCCCTTCCTGGCTGTGGCCGGGTCGCCCGAGTATGGTGCTGAACTCAGCCAACTACTTTACCTGGGAAGTGCTGAATAACCACTcc > 1:604579/1‑149 (MQ=255) aGAACTACGACAACATCGACTTCCAGGGCCTGGCTCCAATTGTCCGCGATTTCTATGTCTTTATCCCTTCCTGGCTGTGGCCGGGTCGCCCGAGTATGGTGCTGAACTCAGCCAACTACTTTACCTGGGAAGTGCTGAATAACCACTcc > 2:3636424/1‑149 (MQ=255) aCTACGACAACATCGACTTCCAGGGCCTGGCTCCAATTGTCCGCGATTTCTATGTCTTTATCCCTTCCTGGCTGTGGCCGGGTCGCCCGAGTATGGTGCTGAACTCAGCCAACTACTTTACCTGGGAAGTGCTGAATAACCACTCCGGa > 1:4009618/1‑149 (MQ=255) cTACGACAACATCGACTTCCAGGGCCTGGCTCCAATTGTCCGCGATTTCTATGTCTTTATCCCTTCCTGGCTGTGGCCGGGTCGCCCGAGTATGGTGCTGAACTCAGCCAACTACTTTACCTGGGAAGTGCTGAATAACCACTCCGGAc < 1:4769318/149‑1 (MQ=255) cTACGACAACATCGACTTCCAGGGCCTGGCTCCAATTGTCCGCGATTTCTATGTCTTTATCCCTTCCTGGCTGTGGCCGGGTCGCCCGAGTATGGTGCTGAACTCAGCCAACTACTTTACCTGGGAAGTGCTGAATAACCACTCCGGAc > 2:3584390/1‑149 (MQ=255) cGACAACATCGACTTCCAGGGCCTGGCTCCAATTGTCCGCGATTTCTATGTCTTTATCCCTTCCTGGCTGTGGCCGGGTCGCCCGAGTATGGTGCTGAACTCAGCCAACTACTTTACCTGGGAAGTGCTGAATAACCACTCCGGACTgg < 2:1804683/149‑1 (MQ=255) acaacaTCGACTTCCAGGGCCTGGCTCCAATTGTCCGCGATTTCTATGTCTTTATCCCTTCCTGGCTGTGGCCGGGTCGCCCGAGTATGGTGCTGAACTCAGCCAACTACTTTACCTGGGAAGTGCTGAATAACCACTCCGGACTGGCg > 1:876065/1‑149 (MQ=255) aacaTCGACTTCCAGGGCCTGGCTCCAATTGTCCGCGATTTCTATGTCTTTATCCCTTCCTGGCTGTGGCCGGGTCGCCCGAGTATGGTGCTGAACTCAGCCAACTACTTTACCTGGGAAGTGCTGAATAACCACTCCGGACTGGCGAt < 1:4242408/149‑1 (MQ=255) caTCGACTTCCAGGGCCTGGCTCCAATTGTCCGCGATTTCTATGTCTTTATCCCTTCCTGGCTGTGGCCGGGTCGCCCGAGTATGGTGCTGAACTCAGCCAACTACTTTACCTGGGAAGTGCTGAATAACCACTCCGGACTGGCGAtct > 1:3813953/1‑149 (MQ=255) cGACTTCCAGGGCCTGGCTCCAATTGTCCGCGATTTCTATGTCTTTATCCCTTCCTGGCTGTGGCCGGGTCGCCCGAGTATGGTGCTGAACTCAGCCAACTACTTTACCTGGGAAGTGCTGAATAACCACTCCGGACTGGCGATCTCGc < 1:333247/149‑1 (MQ=255) aCTTCCAGGGCCTGGCTCCAATTGTCCGCGATTTCTATGTCTTTATCCCTTCCTGGCTGTGGCCGGGTCGCCCGAGTATGGTGCTGAACTCAGCCAACTACTTTACCTGGGAAGTGCTGAATAACCACTCCGGACTGGCGATCTCGCCt > 1:417699/1‑149 (MQ=255) aCTTCCAGGGCCTGGCTCCAATTGTCCGCGATTTCTATGTCTTTATCCCTTCCTGGCTGTGGCCGGGTCGCCCGAGTATGGTGCTGAACTCAGCCAACTACTTTACCTGGGAAGTGCTGAATAACAACTCCGGACTGGCGATCTCGCCt > 1:1004083/1‑149 (MQ=255) 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gggAAGTGCTGAATAACCACTCCGGACTGGCGATCTCGCCTACGCTTATAGGCTCACTGGTGGTGATGGGCGGCGCGTTGTTCATCCCGCTCGGGGCGATCGTGGTTGGTCTGATCATCAAATGGTTCGACTGGCTGTATGAGCTGGGc > 1:3278148/1‑149 (MQ=255) gggAAGTGCTGAATAACCACTCCGGACTGGCGATCTCGCCTACGCTTATAGGCTCACTGGTGGTGATGGGCGGCGCGTTGTTCATCCCGCTCGGGGCGATCGTGGTTGGTCTGATCATCAAATGGTTCGACTGGCTGTATGAGCTGGGc > 2:3514660/1‑149 (MQ=255) gAAGTGCTGAATAACCACTCCGGACTGGCGATCTCGCCTACGCTTATAGGCTCACTGGTGGTGATGGGCGGCGCGTTGTTCATCCCGCTCGGGGCGATCGTGGTTGGTCTGATCATCAAATGGTTCGACTGGCTGTATGAGCTGGGCaa < 1:3584118/149‑1 (MQ=255) aaGTGCTGAATAACCACTCCGGACTGGCGATCTCGCCTACGCTTATAGGCTCACTGGTGGTGATGGGCGGCGCGTTGTTCATCCCGCTCGGGGCGATCGTGGTTGGTCTGATCATCAAATGGTTCGACTGGCTGTATGAGCTGGGCAAc < 1:3132565/149‑1 (MQ=255) aaGTGCTGAATAACCACTCCGGACTGGCGATCTCGCCTACGCTTATAGGCTCACTGGTGGTGATGGGCGGCGCGTTGTTCATCCCGCTCGGGGCGATCGTGGTTGGTCTGATCATCAAATGGTTCGACTGGCTGTATGAGCTGGGCAAc < 1:391261/149‑1 (MQ=255) aGTGCTGAATAACCACTCCGGACTGGCGATCTCGCCTACGCTTATAGGCTCACTGGTGGTGATGGGCGGCGCGTTGTTCATCCCGCTCGGGGCGATCGTGGTTGGTCTGATCATCAAATGGTTCGACTGGCTGTATGAGCTGGGCAAcc > 1:1437488/1‑149 (MQ=255) aGTGCTGAATAACCACTCCGGACTGGCGATCTCGCCTACGCTTATAGGCTCACTGGTGGTGATGGGCGGCGCGTTGTTCATCCCGCTCGGGGCGATCGTGGTTGGTCTGATCATCAAATGGTTCGACTGGCTGTATGAGCTGGGCAAcc > 1:4753552/1‑149 (MQ=255) aGTGCTGAATAACCACTCCGGACTGGCGATCTCGCCTACGCTTATAGGCTCACTGGTGGTGATGGGCGGCGCGTTGTTCATCCCGCTCGGGGCGATCGTGGTTGGTCTGATCATCAAATGGTTCGACTGGCTGTATGAGCTGGGCAAcc > 2:1940779/1‑149 (MQ=255) aaTAACCACTCCGGACTGGCGATCTCGCCTACGCTTATAGGCTCACTGGTGGTGATGGGCGGCGCGTTGTTCATCCCGCTCGGGGCGATCGTGGTTGGTCTGATCATCAAATGGTTCGACTGGCTGTATGAGCTGGGCAACCGCGAGcc < 2:4058747/149‑1 (MQ=255) aTAACAACTCCGGACTGGCGATCTCGCCTACGCTTATAGGCTCACTGGTGGTGATGGGCGGCGCGTTGTTCATCCCGCTCGGGGCGATCGTGGTTGGTCTGATCATCAAATGGTTCGACTGGCTGTATGAGCTGGGCAACCGCGAGCCt < 1:3790755/149‑1 (MQ=255) aaCCACTCCGGACTGGCGATCTCGCCTACGCTTATAGGCTCACTGGTGGTGATGGGCGGCGCGTTGTTCATCCCGCTCGGGGCGATCGTGGTTGGTCTGATCATCAAATGGTTCGACTGGCTGTATGAGCTGGGCAACCGCGAGCCTaa > 1:1240954/1‑149 (MQ=255) ccACTCCGGACTGGCGATCTCGCCTACGCTTATAGGCTCACTGGTGGTGATGGGCGGCGCGTTGTTCATCCCGCTCGGGGCGATCGTGGTTGGTCTGATCATCAAATGGTTCGACTGGCTGTATGAGCTGGGCAACCGCGAGCCTAATc < 1:2415795/149‑1 (MQ=255) | TTGCAGAACTACGACAACATCGACTTCCAGGGCCTGGCTCCAATTGTCCGCGATTTCTATGTCTTTATCCCTTCCTGGCTGTGGCCGGGTCGCCCGAGTATGGTGCTGAACTCAGCCAACTACTTTACCTGGGAAGTGCTGAATAACCACTCCGGACTGGCGATCTCGCCTACGCTTATAGGCTCACTGGTGGTGATGGGCGGCGCGTTGTTCATCCCGCTCGGGGCGATCGTGGTTGGTCTGATCATCAAATGGTTCGACTGGCTGTATGAGCTGGGCAACCGCGAGCCTAATC > CP009273/3972795‑3973089 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |