Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,000,498 | T→A | 6.9% | R425R (CGT→CGA) | recQ → | ATP‑dependent DNA helicase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,000,498 | 0 | T | A | 6.9% | 1076.5 / 52.0 | 332 | R425R (CGT→CGA) | recQ | ATP‑dependent DNA helicase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (143/166); new base A (13/10); total (156/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
AAGCGCAAACTTGCCGTCGTCTGGTATTGCTGAACTATTTTGGCGAAGGGCGTCAGGAGCCGTGCGGGAACTGCGATATCTGCCTCGATCCGCCGAAACAGTACGACGGTTCAACCGATGCTCAGATTGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTATGTGGTGGAAGTGATTCGTGGTGCTAATAACCAGCGTATCCGCGACTATGGTCATGACAAACTGAAAGTCTATGGCATGGGCCGTGATAAAAGCCATGAACATTGGGTGAGCGTGATCCGCC > CP009273/4000350‑4000646 | aaGCGCAAACTTGCCGTCGTCTGGTATTGCTGAACTATTTTGGCGAAGGGCGTCAGGAGCCGTGCGGGAACTGCGATATCTGCCTCGATCCGCCGAAACAGTACGACGGTTCAACCGATGCTCAGATTGCCCTTTCCACCATTGGTCgt < 1:2216159/149‑1 (MQ=255) aaaCTTGCCGTCGTCTGGTATTGCTGAACTATTTTGGCGAAGGGCGTCAGGAGCCGTGCGGGAACTGCGATATCTGCCTCGATCCGCCGAAACAGTACGACGGTTCAACCGATGCTCAGATTGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGAAt > 2:1161409/1‑149 (MQ=255) aaCTTGCCGTCGTCTGGTATTGCTGAACTATTTTGGCGAAGGGCGTCAGGAGCCGTGCGGGAACTGCGATATCTGCCTCGATCCGCCGAAACAGTACGACGGTTCAACCGATGCTCAGATTGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGACTc > 2:2813231/1‑149 (MQ=255) 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tGGTATTGCTGAACTATTTTGGCGAAGGGCGTCAGGAGCCGTGCGGGAACTGCGATATCTGCCTCGATCCGCCGAAACAGTACGACGGTTCAACCGATGCTCAGATTGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATg < 2:82807/149‑1 (MQ=255) ggTATTGCTGAACTATTTTGGCGAAGGGCGTCAGGAGCCGTGCGGGAACTGCGATATCTGCCTCGATCCGCCGAAACAGTACGACGGTTCAACCGATGCTCAGATTGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATgg > 2:4433676/1‑149 (MQ=255) aTTGCTGAACTATTTTGGCGAAGGGCGTCAGGAGCCGTGCGGGAACTGCGATATCTGCCTCGATCCGCCGAAACAGTACGACGGTTCAACCGATGCTCAGATTGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGtt > 2:4611402/1‑149 (MQ=255) aTTGCTGAACTATTTTGGCGAAGGGCGTCAGGAGCCGTGCGGGAACTGCGATATCTGCCTCGATCCGCCGAAACAGTACGACGGTTCAACCGATGCTCAGATTGCCCTTTCCACCATTGGTCGTGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGtt < 1:3068931/149‑1 (MQ=255) tGCTGAACTATTTTGGCGAAGGGCGTCAGGAGCCGTGCGGGAACTGCGATATCTGCCTCGATCCGCCGAAACAGTACGACGGTTCAACCGATGCTCAGATTGCCCTTTCCACCATTGGTCGAGTGAATCAGCGGTTTGGGATGGGTTAt < 1:1405480/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |