| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,078,536 | T→A | 6.4% | H216L (CAC→CTC) | fdoG ← | formate dehydrogenase‑O, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,078,536 | 0 | T | A | 6.4% | 929.7 / 41.2 | 308 | H216L (CAC→CTC) | fdoG | formate dehydrogenase‑O, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (150/136); new base A (12/8); total (164/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
CGTACGCGTAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAATAGCCGGTTTCGTTACTCGACGCGGA > CP009273/4078388‑4078684 | cgTACGCGTAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGt > 2:2375101/1‑149 (MQ=255) tACGCGTAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGtgg > 1:3023052/1‑149 (MQ=255) aCGCGTAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGtggt < 1:3874323/149‑1 (MQ=255) cgcgTAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGaggtt < 1:214927/149‑1 (MQ=255) gcgTAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGtggttg > 1:2975116/1‑149 (MQ=255) cgTAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGtggttgg < 2:4437253/149‑1 (MQ=255) tAAAGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTc < 2:3570573/149‑1 (MQ=255) aaGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCAt < 1:2201272/149‑1 (MQ=255) aGCGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATc < 2:3349289/149‑1 (MQ=255) cGAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGc < 1:3350818/149‑1 (MQ=255) gAGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCa > 2:1037825/1‑149 (MQ=255) aGGATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCAc < 1:59191/149‑1 (MQ=255) ggATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCAcc < 1:4109896/149‑1 (MQ=255) ggATCGATCACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTGGGTCATCGCAcc > 1:847187/1‑149 (MQ=255) gatcgatcACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACcg > 2:1399114/1‑149 (MQ=255) gatcgatcACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACcg > 2:118/1‑149 (MQ=255) tcgatcACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACcgcg > 2:3759445/1‑149 (MQ=255) tcgatcACAATCAGCTTCGCGCCGTTGTGAATTTTGGCTTCCATCGCCCAGCGGAACCCGACCGGGTGAGCTTCAGCGGCGTTACCGCCCATCACCACGACGAGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACcgcg > 2:2928568/1‑149 (MQ=255) 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gaGGTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTa < 2:3896865/149‑1 (MQ=255) ggTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTaaa > 1:3144560/1‑149 (MQ=255) ggTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTaaa > 2:2270262/1‑149 (MQ=255) ggTTGGCGTTCTTGATGTCGACCCAGAGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCACGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTaaa > 2:3497331/1‑149 (MQ=255) gTTGGCTTTCTTGATGTCGACCCAGTGGTTGGTCATCGCACCGCGACCAAATGTTGGAGCAAGACTTGCTACCGTTGGTCCGTGTCAGACACGCGCCTGGTTGTCGACCGCGAGCATACCCAGCGCGCGGGAGAATTTTTGCGTTAAAt < 2:2437130/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |