| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 4,086,311 | 0 | A | T | 5.4% | 989.1 / 32.6 | 304 | intergenic (‑128/+173) | frvA/rhaM | putative enzyme IIA component of PTS/L‑rhamnose mutarotase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (147/140); new base T (9/8); total (156/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
GCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCGG > CP009273/4086163‑4086459 | gCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGca < 1:1853418/149‑1 (MQ=255) cTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGcac < 2:4034915/149‑1 (MQ=255) aGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGCACATAAt > 2:1733048/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |