| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,144,896 | 0 | T | G | 8.9% | 931.3 / 78.0 | 333 | intergenic (‑121/‑33) | argE/argC | acetylornithine deacetylase/N‑acetyl‑gamma‑glutamylphosphate reductase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (161/142); new base G (14/15); total (176/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
CGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGTGAATAGCCCCGATGTTGAATACGCTGATTGTGGGTGCCAGCGGCTACGCTGGCGCAGAGCTAGTGACCTATGTAAATCGCCATCCGCATATGAACATAACCGCTTTGACTGTTTCAGCGCAAAGCAA > CP009273/4144748‑4145044 | aTGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAAc > 1:3808183/1‑149 (MQ=255) aTGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAAc > 2:169050/1‑149 (MQ=255) ggCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCa < 1:648514/149‑1 (MQ=255) 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cTGGCAACCAGACATAAGAAGGTGAATAGCCCCGATGTTGAATACGCTGATGGTGGGTGCCAGCGGCTACGCTGGCGCAGAGCTAGTGACCTATGTAAATCGCCATCCGCATATGAACATAACCGCTTTGACTGTTTCAGCGCAAAGCa > 2:4097487/1‑149 (MQ=255) tGGCAACCAGACATAAGAAGGTGAATAGCCCCGATGTTGAATACGCTGATTGTGGGTGCCAGCGGCTACGCTGGCGCAGAGCTAGTGACCTATGTAAATCGCCATCCGCATATGAACATAACCGCTTTGACTGTTTCAGCGCAAAGCaa > 2:1986983/1‑149 (MQ=255) | CGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGTGAATAGCCCCGATGTTGAATACGCTGATTGTGGGTGCCAGCGGCTACGCTGGCGCAGAGCTAGTGACCTATGTAAATCGCCATCCGCATATGAACATAACCGCTTTGACTGTTTCAGCGCAAAGCAA > CP009273/4144748‑4145044 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |