| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 32,527 | C→A | 29.5% | R571S (CGT→AGT) | carB → | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 32,527 | 0 | C | A | 29.5% | 589.5 / 219.8 | 293 | R571S (CGT→AGT) | carB | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (97/109); new base A (35/52); total (132/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
CTGCACCCGGTTTATAAGCGCGTGGATACCTGTGCGGCAGAGTTCGCCACCGACACCGCTTACATGTACTCCACTTATGAAGAAGAGTGCGAAGCGAATCCGTCTACCGACCGTGAAAAAATCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCC > CP009273/32380‑32675 | cACCCGGTTTATAAGCGCGTGGATACCTGTGCGGCAGAGTTCGCCACCGACACCGCTTACATGTACTCCACTTATGAAGAAGAGTGCGAAGCGAATCCGTCTACCGACCGTGAAAAAATCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTAt < 1:2717385/149‑1 (MQ=255) ggTTTATAAGCGCGTGGATACCTGTGCGGCAGAGTTCGCCACCGACACCGCTTACATGTACTCCACTTATGAAGAAGAGTGCGAAGCGAATCCGTCTACCGACCGTGAAAAAATCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACAGTATCGGTc < 2:528708/149‑1 (MQ=255) gTTTATAAGCGCGTGGATACCTGTGCGGCAGAGTTCGCCACCGACACCGCTTACATGTACTCCACTTATGAAGAAGAGTGCGAAGCGAATCCGTCTACCGACCGTGAAAAAATCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACAGTATCGGTCa > 2:4391837/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |