| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,217,818 | G→T | 6.5% | V54F (GTT→TTT) | yjbB → | putative Na+/Pi‑cotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,217,818 | 0 | G | T | 6.5% | 1199.2 / 32.4 | 312 | V54F (GTT→TTT) | yjbB | putative Na+/Pi‑cotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (147/144); new base T (12/9); total (159/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
GCTTCACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTCGA > CP009273/4217670‑4217966 | ctTCACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGt < 2:2337077/149‑1 (MQ=255) ttCACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCttt < 2:3359336/149‑1 (MQ=255) ttCACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGtt > 2:2417990/1‑149 (MQ=255) 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cTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGc > 2:2262854/1‑149 (MQ=255) cTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGc > 2:710560/1‑149 (MQ=255) cTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACt > 2:4283485/1‑149 (MQ=255) tttCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTg < 2:2149555/149‑1 (MQ=255) ttCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCTTTACCGCACTgg > 1:4131044/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |