| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,263,834 | T→A | 9.9% | intergenic (‑35/‑219) | uvrA ← / → ssb | ATPase and DNA damage recognition protein of nucleotide excision repair excinuclease UvrABC/single‑stranded DNA‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,263,834 | 0 | T | A | 9.9% | 927.9 / 75.8 | 303 | intergenic (‑35/‑219) | uvrA/ssb | ATPase and DNA damage recognition protein of nucleotide excision repair excinuclease UvrABC/single‑stranded DNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (122/150); new base A (7/23); total (130/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.13e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
GGATTTGCCAGAACCCGAAAGCCCGGTCACGACAATGAGCTTGTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGC‑TTTTTTGCCCGGTGGCATGGTGCTACCGGCGATCACAAACGGTTAATTATGAC‑ACAAATTGACCTGAATGAATATACAGTATTGGAATGCATTACCCGGAGTGTTGTGTAACAATGTCTGGCCAGGTTTGTTTCCCGGAACCGAGGTCACAACATAGTAAA > CP009273/4263686‑4263982 | ggATTTGCCAGAACCCGAAAGCCCGGTCACGACAATGAGCTTGTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGC‑TTTTTTGCCCGGt < 1:3236099/149‑1 (MQ=255) tttGCCAGAACCCGAAAGCCCGGTCACGACAATGAGCTTGTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGC‑TTTTTTGCCCGGTGGc > 1:1729860/1‑149 (MQ=255) tGCCAGAACCCGAAAGCCCGGTCACGACAATGAGCTTGTCGCGGGGGATAACGAGGTTGATGTTTTTGAGATTATGGGTGCGGGCGCCCCGAACTTCGATCTTATCCATTCACCTTTCCCGGATTAAACGC‑TTTTTTGCCCGGTGGCAt > 2:878903/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |