| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,270,764 | T→A | 6.3% | V286E (GTG→GAG) | yjcE → | putative cation/proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,270,764 | 0 | T | A | 6.3% | 800.1 / 29.5 | 249 | V286E (GTG→GAG) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (104/129); new base A (4/12); total (108/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
GAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGGTGTTCCTGCTGTTAGGTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTGGAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTG > CP009273/4270616‑4270912 | gAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGAGCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGgt < 2:2950877/149‑1 (MQ=255) aCATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGACTTTGTCTTTAACGGCATGgtgt > 2:1903272/1‑149 (MQ=255) aCATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGgagt < 2:854570/149‑1 (MQ=255) tatTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGGTGTTcc < 1:3634584/149‑1 (MQ=255) tatTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGGTGTTcc < 1:205278/149‑1 (MQ=255) tatTGGCGTGTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCAGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGGTGTTcc < 2:3937433/149‑1 (MQ=255) atTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGGTGTTCct > 2:3539340/1‑149 (MQ=255) ggCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGGTGTTCctgct > 1:2245147/1‑149 (MQ=255) 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tGGTGTTCCTGCTGTTAGGTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTGGAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCggctgg > 2:2790400/1‑149 (MQ=255) tgtTCCTGCTGTTAGGTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTGGAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCGgctggctg < 2:3329560/149‑1 (MQ=255) | GAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGAATTTGTCTTTAACGGCATGGTGTTCCTGCTGTTAGGTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTGGAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTG > CP009273/4270616‑4270912 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |