| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,272,274 | G→A | 19.2% | L244F (CTT→TTT) | yjcF ← | pentapeptide repeats protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,272,274 | 0 | G | A | 19.2% | 576.9 / 116.0 | 229 | L244F (CTT→TTT) | yjcF | pentapeptide repeats protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (95/90); new base A (24/20); total (119/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
TTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCATGTATGCCATATAAAAATTTGAATAATCAAGGAAGGTATTTTTAATATTGGCTCTATTCATTGTTGCATTGTAGAATTGAACATGCATAGCGGAACATGAATTTAGAGTTCCGTCAGTCATTTTTATCTGAGCGAAATTTGAGTCATCGAGAATACAATTATCAAAAAGTATTTTTTC > CP009273/4272126‑4272421 | gACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCATGTATGCCATATAAAAATTTGAATAATCaagga > 2:2995918/1‑149 (MQ=255) acacGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCATGTATGCCATATAAAAATTTGAATAATCaaggaa > 1:1180604/1‑149 (MQ=255) acacGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCATGTATGCCATATAAAAATTTGAATAATCaaggaa < 2:3311135/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |