| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,298,238 | C→A | 15.3% | E20* (GAA→TAA) | alsE ← | allulose‑6‑phosphate 3‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,298,238 | 0 | C | A | 15.3% | 1078.0 / 118.0 | 351 | E20* (GAA→TAA) | alsE | allulose‑6‑phosphate 3‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (139/158); new base A (14/40); total (153/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
GGCCGCGTCACCATCAGATGACAGTCGAGCGGTTTAGTTGCCAGTTTTTTAACCTGACTTACGAAGAACGGTGAGAGTGTCAGATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGATATCGATGTGGAAGTAATCGGCATGGCTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGTTGGTAATAGGTTTGTAC > CP009273/4298090‑4298386 | ggCCGCGTCACCATCAGATGACAGTCGAGCGGTTTAGTTGCCAGTTTTTTAACCTGACTTACGAAGAACGGTGAGAGTGTCAGATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGATATCGATGTGGAAGTAATCGGCATGGCTGTCGATAAATTc > 1:4024615/1‑149 (MQ=255) ccGCGTCACCATCAGATGACAGTCGAGCGGTTTAGTTGCCAGTTTTTTAACCTGACTTACGAAGAACGGTGAGAGTGTCAGATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGATATCGATGTGGAAGTAATCGGCATGGCTGTCGATAAATTAGa < 2:3141065/149‑1 (MQ=255) gcgTCACCATCAGATGACAGTCGAGCGGTTTAGTTGCCAGTTTTTTAACCTGACTTACGAAGAACGGTGAGAGTGTCAGATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGATATCGATGTGGAAGTAATCGGCATGGCTGTCGATAAATTCGATc > 2:855169/1‑149 (MQ=255) 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tAATCGGCATGGCTGTCGATAAATTAGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATca < 2:4598133/149‑1 (MQ=255) tcATGGCTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCAccacca < 2:2129462/148‑1 (MQ=255) gCATGGCTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCAccacca > 1:1019806/1‑149 (MQ=255) gCATGGCTGTCGATAAATTAGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCAccacca > 2:3525774/1‑149 (MQ=255) cATGGCTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAg < 2:4531930/149‑1 (MQ=255) cATGGCTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAg > 2:2076728/1‑149 (MQ=255) aTGGCTGTCGATAAATTAGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGt < 1:4376459/149‑1 (MQ=255) tGGCTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGtt > 2:1364530/1‑149 (MQ=255) tGGCTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGtt > 1:1391454/1‑149 (MQ=255) cTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGTTGGt < 2:39477/149‑1 (MQ=255) tCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCTCATCACCACCAGTTGGTAAt > 2:1314312/1‑149 (MQ=255) tAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGTTGGTAATAGGt > 1:411131/1‑149 (MQ=255) tAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGTTGGTAATAGGt > 1:1069146/1‑149 (MQ=255) aTTAGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGTTGGTAATAGGTTTg > 1:3137765/1‑149 (MQ=255) ttCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCGTTACTTACTGATACGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAAGTAATCCGCCCATCTCCACCAGGTGGTAATAGGTTTGt > 2:3624253/1‑149 (MQ=255) ttCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGTTGGTAATAGGTTTGt > 2:2889005/1‑149 (MQ=255) cGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGTTGGTAATAGGTTTGTAc > 1:2691848/1‑149 (MQ=255) | GGCCGCGTCACCATCAGATGACAGTCGAGCGGTTTAGTTGCCAGTTTTTTAACCTGACTTACGAAGAACGGTGAGAGTGTCAGATTGGGGACAAAGTGACCGTCCATGATATCGATGTGGAAGTAATCGGCATGGCTGTCGATAAATTCGATCTGTTCTTTAAATTTCAGCAGATCCATACACATTAACGAGGGGGAGATTTTCATGTTCAATTCCTTACTTACTGATAAGACGGTCAAGGGCGACAGCCGCGATAATTAATCCGCCCATCACCACCAGTTGGTAATAGGTTTGTAC > CP009273/4298090‑4298386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |