Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,358,390 | A→C | 89.5% | intergenic (‑246/‑91) | aspA ← / → fxsA | aspartate ammonia‑lyase/suppressor of F exclusion of phage T7 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,358,390 | 0 | A | C | 89.5% | 1049.2 / 64.5 | 311 | intergenic (‑246/‑91) | aspA/fxsA | aspartate ammonia‑lyase/suppressor of F exclusion of phage T7 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/17); new base C (131/147); total (147/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.24e-01 |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGAAATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAA > CP009273/4358245‑4358535 | gAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACAtt > 1:192324/1‑149 (MQ=255) cccGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATATTTGCGCAAACATATTGAAATTTTGCt > 2:2171074/1‑149 (MQ=255) cGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTaa < 2:4045605/149‑1 (MQ=255) cATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACca 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |