| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,396,945 | G→T | 5.1% | E159* (GAA→TAA) | rnr → | exoribonuclease R, RNase R |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,396,945 | 0 | G | T | 5.1% | 1297.0 / 25.6 | 331 | E159* (GAA→TAA) | rnr | exoribonuclease R, RNase R |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (178/136); new base T (10/7); total (188/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
TCTCTCCAGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTCGCCGCACCAAAGCGGTGGG > CP009273/4396797‑4397093 | tctctcCAGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCg < 1:703158/149‑1 (MQ=255) ctcCAGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAg < 2:3733460/149‑1 (MQ=255) tcCAGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGc > 2:2598720/1‑149 (MQ=255) ccAGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCg > 2:4281221/1‑149 (MQ=255) aGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCggg < 1:4058243/149‑1 (MQ=255) aGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCggg < 2:4359315/149‑1 (MQ=255) gCGAGCAGATGAAAACCTACATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGc > 1:2036115/1‑149 (MQ=255) gAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTGTACCGAAGCGGGCGt > 2:457334/1‑149 (MQ=255) aGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTc < 1:4444972/149‑1 (MQ=255) aGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTc > 1:3216191/1‑149 (MQ=255) aGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTc > 1:3216160/1‑149 (MQ=255) gCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCg > 1:4639678/1‑149 (MQ=255) gCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCg > 2:1736605/1‑149 (MQ=255) 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tgGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTcgcc < 2:443269/149‑1 (MQ=255) ggTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTcgccg > 2:4755926/1‑149 (MQ=255) gTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTACTCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGTGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTcgccgc < 1:457334/149‑1 (MQ=255) gTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTcgccgc > 2:3277420/1‑149 (MQ=255) gTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTcgccgc < 1:3043935/149‑1 (MQ=255) 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tttACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTCGCCGCACCAAAGc < 2:4265936/149‑1 (MQ=255) ccGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTCGCCGCACCAAAGCGGTg > 1:1338199/1‑149 (MQ=255) | TCTCTCCAGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCCCGATCAGATCATGGGCGCGCGGATGGGCTTTGTGGTCGTAGTCGAACTGACTCAGCGTCCGACTCGCCGCACCAAAGCGGTGGG > CP009273/4396797‑4397093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |