Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,410,964 | A→C | 67.5% | I390L (ATC→CTC) | ulaA → | L‑ascorbate‑specific enzyme IIC permease component of PTS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,410,964 | 0 | A | C | 67.5% | 544.6 / 266.9 | 313 | I390L (ATC→CTC) | ulaA | L‑ascorbate‑specific enzyme IIC permease component of PTS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/44); new base C (122/89); total (180/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 |
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
TGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGGATGGGCATGGCGGACTGGTCGATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATCGGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAAT > CP009273/4410819‑4411109 | tGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCg > 1:1387644/1‑149 (MQ=255) aTCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAAt > 1:128539/1‑149 (MQ=255) cTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCtt < 2:4387308/149‑1 (MQ=255) gTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTgg < 2:483371/149‑1 (MQ=255) tCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGt < 1:1434712/149‑1 (MQ=255) gCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTg < 1:4477766/149‑1 (MQ=255) ccTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCGGAAGATTTGTCGGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTGc > 2:1651966/1‑149 (MQ=255) cTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTGCg > 1:546895/1‑149 (MQ=255) tGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTGCGt > 2:4617213/1‑149 (MQ=255) gCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTGCGTc < 1:790322/149‑1 (MQ=255) gCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTGCGTCTgg < 1:391183/149‑1 (MQ=255) gCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTGCGTCTgg > 1:1558999/1‑149 (MQ=255) tcctcGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGc < 2:250371/149‑1 (MQ=255) cctcGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCg > 2:2867286/1‑149 (MQ=255) tcGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGt > 2:2813688/1‑149 (MQ=255) aTCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGaa < 2:1608580/149‑1 (MQ=255) aTCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGaa > 2:1823343/1‑149 (MQ=255) ccTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAAAc < 2:423766/149‑1 (MQ=255) attattCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCAc < 1:1977082/149‑1 (MQ=255) attattCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCAc > 2:4703177/1‑149 (MQ=255) attCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCgg > 2:3487612/1‑149 (MQ=255) tCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTa < 2:4469392/149‑1 (MQ=255) cTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTATg > 1:3291373/1‑149 (MQ=255) ggCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAg > 2:2368791/1‑149 (MQ=255) 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atgatCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGGATGGGCATGGCGGACTGGTCGATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATCGGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAAt < 2:1176549/149‑1 (MQ=255) | TGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTTGGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGGATGGGCATGGCGGACTGGTCGATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATCGGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAAT > CP009273/4410819‑4411109 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |