Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,469,550 | G→A | 100% | A2T (GCT→ACT) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,469,550 | 0 | G | A | 99.6% | 960.1 / ‑4.6 | 280 | A2T (GCT→ACT) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (139/140); total (139/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
CTCTTCTTACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGCATTAATGAAAT > CP009273/4469404‑4469694 | ctctTCTTACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACt < 2:410885/149‑1 (MQ=255) cttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGt < 1:1645638/149‑1 (MQ=255) ttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGtt < 1:4072490/149‑1 (MQ=255) acgtacgCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTAAGTGAATTTTTATTACTAAATttat > 2:2764849/1‑149 (MQ=255) tacgCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTaa > 1:2302222/1‑149 (MQ=255) acgCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAAt > 2:452331/1‑149 (MQ=255) gCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGa > 1:3597502/1‑149 (MQ=255) gACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGa < 2:4278596/149‑1 (MQ=255) gACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGa > 1:2516723/1‑149 (MQ=255) gACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGa > 2:1862387/1‑149 (MQ=255) aCTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGAt > 2:3971600/1‑149 (MQ=255) aCTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGAt < 1:3676352/149‑1 (MQ=255) aCTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGAt < 1:2619599/149‑1 (MQ=255) aCTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGAt > 2:1581943/1‑149 (MQ=255) taAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTcc > 2:965072/1‑149 (MQ=255) taAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTcc > 1:4244835/1‑149 (MQ=255) aGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTc < 2:2078277/149‑1 (MQ=255) aGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTc > 1:175634/1‑149 (MQ=255) aGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTc < 2:3633084/149‑1 (MQ=255) ataaAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCAt > 2:172430/1‑149 (MQ=255) ataaAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCAt > 2:2404607/1‑149 (MQ=255) taaAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTTCTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCAtt < 1:1109587/149‑1 (MQ=255) taaAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCAtt > 2:1549034/1‑149 (MQ=255) taaAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCAtt < 2:3318765/149‑1 (MQ=255) tttttGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCgttt > 1:2014023/1‑149 (MQ=255) tttttGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCgttt < 2:1573593/149‑1 (MQ=255) tttGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCgtttgt < 2:3952559/149‑1 (MQ=255) tttGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCgtttgt > 1:3979826/1‑149 (MQ=255) tGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCgtttgttt > 1:1874200/1‑149 (MQ=255) tGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCgtttgttt > 1:1874406/1‑149 (MQ=255) tGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATGCgtttgttt > 2:3176864/1‑149 (MQ=255) tGCCAGACAATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCgtttgttt < 2:4633615/149‑1 (MQ=255) aGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCa > 2:2644705/1‑149 (MQ=255) cTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATgg < 2:4737977/149‑1 (MQ=255) tATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGt > 1:4137284/1‑149 (MQ=255) cTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAgg < 2:1167220/149‑1 (MQ=255) gATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATTAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAtgtg > 2:2721304/1‑149 (MQ=255) gATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATTGTACAGGTg > 2:3769783/1‑149 (MQ=255) gATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTg < 1:4706362/149‑1 (MQ=255) tAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgag > 2:4456048/1‑149 (MQ=255) agagTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgagag < 2:3276540/149‑1 (MQ=255) agagTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGCCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgagag < 2:792136/149‑1 (MQ=255) tATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGatat > 2:1909828/1‑149 (MQ=255) tGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATAtttt < 2:4495921/149‑1 (MQ=255) tGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATAtttt < 2:3484933/149‑1 (MQ=255) tAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCt < 1:2944866/149‑1 (MQ=255) aaCGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCtt > 2:3811284/1‑149 (MQ=255) gTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTAtt < 1:681827/149‑1 (MQ=255) gTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTAtt < 1:3243330/149‑1 (MQ=255) ggCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTtg > 1:4160280/1‑149 (MQ=255) gAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTtgtgtg < 2:2397830/149‑1 (MQ=255) aaCATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTgtgg > 2:7190/1‑149 (MQ=255) ttttACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTTGTGaa > 2:3382363/1‑149 (MQ=255) tgaCTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAtg < 2:2705454/147‑1 (MQ=255) ctgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGTTGAATgtgt > 1:55673/1‑149 (MQ=255) ctgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATgtgt > 2:296671/1‑149 (MQ=255) ctgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATgtgt > 1:2448619/1‑149 (MQ=255) tgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGtgtt > 2:1992828/1‑149 (MQ=255) tgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGtgtt > 1:1204445/1‑149 (MQ=255) tgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGtgtt < 1:1041681/149‑1 (MQ=255) tgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTAATGGTAAAGGTTAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGtgtt > 2:1646360/1‑149 (MQ=255) gtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGtgttg < 2:1672920/149‑1 (MQ=255) ctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTgttgtt < 1:2888704/149‑1 (MQ=255) tatatataAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAAc < 1:2985357/149‑1 (MQ=255) atatcAGTTAGATCCATGGATTTTTTACTTCAGGGCATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGAt < 2:3273902/149‑1 (MQ=255) ataAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATta < 1:4621819/149‑1 (MQ=255) ataAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATta < 1:4786616/149‑1 (MQ=255) taAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATtat > 1:1713912/1‑149 (MQ=255) taAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATtat < 1:750532/149‑1 (MQ=255) aGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATaa < 2:2476533/149‑1 (MQ=255) gTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATaaa > 1:1368061/1‑148 (MQ=255) gTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAAc > 2:2525234/1‑149 (MQ=255) gTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAAc < 1:854445/149‑1 (MQ=255) ttATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACg > 1:2134063/1‑149 (MQ=255) tatCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGATATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTa < 1:4496971/149‑1 (MQ=255) tatCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACTCTa > 2:90710/1‑149 (MQ=255) tatCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTa < 1:2230654/149‑1 (MQ=255) atCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAg < 1:2102824/149‑1 (MQ=255) tCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAgg > 2:280431/1‑149 (MQ=255) tCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAgg > 2:145463/1‑149 (MQ=255) aaTGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTa > 1:629902/1‑149 (MQ=255) aaTGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTa < 2:4163882/149‑1 (MQ=255) aaTGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTa > 2:3695437/1‑149 (MQ=255) gATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTa > 1:1920995/1‑149 (MQ=255) aTTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATTGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTTTTTGGTGTATGTGTTGTTAACGATTATAAAGCTAGTTATCTAt > 1:3867597/1‑149 (MQ=255) aTTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTAt < 2:1338910/149‑1 (MQ=255) tttttAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTAttt < 2:1000855/149‑1 (MQ=255) ttttAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTa < 2:2254008/149‑1 (MQ=255) ttttAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTa < 1:1549474/149‑1 (MQ=255) ttttAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGAGAGTTTCGTCTTTGTGTGGTGACTGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTa > 2:4079576/1‑149 (MQ=255) tttAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTAc > 1:646609/1‑149 (MQ=255) tttAATACAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTAc > 1:4427928/1‑149 (MQ=255) cAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGc < 1:2911611/149‑1 (MQ=255) gggAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGCAt > 1:3899774/1‑149 (MQ=255) gggAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGCAt > 1:1712737/1‑149 (MQ=255) gggAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGCAt < 1:4713764/149‑1 (MQ=255) ggAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGCAtt < 1:3584344/149‑1 (MQ=255) ggAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGCAtt < 2:85988/149‑1 (MQ=255) tttttATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGCATTAATg > 1:3023269/1‑149 (MQ=255) tttATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGCATTAATGaa < 1:3384067/149‑1 (MQ=255) | CTCTTCTTACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGCATTAATGAAAT > CP009273/4469404‑4469694 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |