| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,476,885 | T→A | 6.3% | V284E (GTA→GAA) | lptF → | lipopolysaccharide export ABC permease of the LptBFGC export complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,476,885 | 0 | T | A | 6.3% | 849.7 / 36.3 | 269 | V284E (GTA→GAA) | lptF | lipopolysaccharide export ABC permease of the LptBFGC export complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (139/112); new base A (9/8); total (148/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
GTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGATGTGGACC > CP009273/4476738‑4477033 | gTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTa > 2:4441999/1‑149 (MQ=255) aCCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCg > 2:1637372/1‑149 (MQ=255) aGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTg > 2:659429/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |