Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,505,600 | C→A | 10.8% | G299C (GGC→TGC) | fecA ← | ferric citrate outer membrane transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,505,600 | 0 | C | A | 10.8% | 962.8 / 60.6 | 277 | G299C (GGC→TGC) | fecA | ferric citrate outer membrane transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (109/138); new base A (13/17); total (122/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
GACAGGCCACCGGGCATGTCGGCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGATACCAAAGTCCTGCGGAATGGCACGG > CP009273/4505452‑4505748 | gaCAGGCCACCGGGCATGTCGGCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGcc > 1:1842/1‑149 (MQ=255) aGGCCACCGGGCATGTCGGCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGa > 1:1048216/1‑149 (MQ=255) ccACCGGGCATGTCGGCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTa < 2:3203485/149‑1 (MQ=255) aCCGGGCATGTCGGCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTaga < 1:2607486/149‑1 (MQ=255) cGGGCATGTCGGCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGagc < 2:3540173/149‑1 (MQ=255) gggCATGTCGGCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGagca < 1:3019422/149‑1 (MQ=255) gggCATGTCGGCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGagca < 1:497497/149‑1 (MQ=255) gCATGTCGGCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGagcagc < 2:536389/149‑1 (MQ=255) gCATGTCGGCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGagcagc < 2:1897918/149‑1 (MQ=255) cATGTCGGCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAgcg > 2:1105908/1‑149 (MQ=255) cGGCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTg < 1:2175340/149‑1 (MQ=255) gCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGcc > 1:3130159/1‑149 (MQ=255) cACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCaaaa < 2:4748862/149‑1 (MQ=255) gtcgtAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGt < 2:2821543/149‑1 (MQ=255) gtcgtAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGt < 2:2347332/149‑1 (MQ=255) tcgtAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGtt > 2:225746/1‑149 (MQ=255) atTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCt > 1:2631742/1‑149 (MQ=255) ttGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCCAAACCGTTGTCCGCtg > 2:2936529/1‑149 (MQ=255) ttGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCtg < 2:307351/149‑1 (MQ=255) ttGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCtg < 2:3813795/149‑1 (MQ=255) cagGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTgccgc < 1:4349842/149‑1 (MQ=255) ggCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGccc > 1:2917424/1‑149 (MQ=255) gTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCccacca > 2:2053147/1‑149 (MQ=255) gTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCccacca > 2:4444524/1‑149 (MQ=255) ttGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCAt > 2:2514957/1‑149 (MQ=255) gAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCa < 1:1055924/149‑1 (MQ=255) aaGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAg > 2:1455420/1‑149 (MQ=255) aaGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAg < 2:1403852/149‑1 (MQ=255) aaGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAg > 1:570853/1‑149 (MQ=255) aGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAgg > 2:2836888/1‑149 (MQ=255) aGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAgg > 1:1408283/1‑149 (MQ=255) ggTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCAGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGt < 1:2173763/149‑1 (MQ=255) gtgtGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCTCCCACCATCAGGtt < 2:2570803/149‑1 (MQ=255) gtgtGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGtt > 2:1179056/1‑149 (MQ=255) gtgtGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGtt > 1:2853096/1‑149 (MQ=255) tgtgCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTtg < 2:3284116/149‑1 (MQ=255) gCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGc > 1:2305747/1‑149 (MQ=255) cATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTctct < 2:3890342/149‑1 (MQ=255) aTCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGTGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCtt < 1:1558221/149‑1 (MQ=255) tCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCttt > 1:2929561/1‑149 (MQ=255) ccGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTc < 2:3788462/149‑1 (MQ=255) cgcATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGgt < 1:3838401/149‑1 (MQ=255) gcATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGgtt < 1:1628458/149‑1 (MQ=255) gcATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGgtt < 1:453143/149‑1 (MQ=255) gcATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGgtt < 2:3961410/149‑1 (MQ=255) gcATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGCCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGgtt > 2:1204751/1‑149 (MQ=255) gcATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCAGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGgtt < 2:3134994/149‑1 (MQ=255) atatTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGgttgt < 2:734602/149‑1 (MQ=255) atatTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGgttgt > 1:645460/1‑149 (MQ=255) tttGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGtttt > 1:517831/1‑149 (MQ=255) ttGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGTGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTtg > 1:1205699/1‑149 (MQ=255) ttttCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGaa < 1:1855795/149‑1 (MQ=255) ttttCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGaa < 1:3474799/149‑1 (MQ=255) ttttCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGaa < 1:4011814/149‑1 (MQ=255) tCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAagag > 1:3539592/1‑149 (MQ=255) tCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAagag < 1:1942153/149‑1 (MQ=255) cAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAgg > 1:1614169/1‑149 (MQ=255) aGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGt < 2:2491235/149‑1 (MQ=255) aGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCAGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGt > 2:1651446/1‑149 (MQ=255) aGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCAGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGt < 1:11669/149‑1 (MQ=255) aGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCAGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGt < 1:2462233/149‑1 (MQ=255) gCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGtt > 1:3764035/1‑149 (MQ=255) cATCAGGTCGTCGCTGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTg < 2:4288064/149‑1 (MQ=255) cATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTg < 2:502265/149‑1 (MQ=255) cATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCAGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTg < 2:4716206/149‑1 (MQ=255) aTCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTgg < 1:1932415/149‑1 (MQ=255) tCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTggg > 2:4005637/1‑149 (MQ=255) cAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGgc > 1:769607/1‑149 (MQ=255) cAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGgc > 1:694783/1‑149 (MQ=255) ggTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCAGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGgctg > 2:3012565/1‑149 (MQ=255) gtcgtcGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCCTCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGgctga > 2:931696/1‑149 (MQ=255) gtcgtcGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGgctga > 2:831474/1‑149 (MQ=255) gtcgtcGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCAGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGgctga < 1:1744865/149‑1 (MQ=255) gtcgtcGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCAGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGgctga < 2:4320861/149‑1 (MQ=255) tcgATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGgctgagctg < 2:1596399/149‑1 (MQ=255) tcgATGAGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCAGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGgctgagctg > 1:2094186/1‑149 (MQ=255) cgATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCAGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGgctgagctga < 1:2438171/149‑1 (MQ=255) aTGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGAcc > 1:3248232/1‑149 (MQ=255) aTGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGAcc < 1:4028676/149‑1 (MQ=255) tGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCt < 2:615777/149‑1 (MQ=255) tGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCt > 2:868206/1‑149 (MQ=255) gTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCAc > 1:4739811/1‑149 (MQ=255) gTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCAc > 2:1787811/1‑149 (MQ=255) gtgCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAACCCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCt < 2:1734354/149‑1 (MQ=255) tgCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTc < 2:3384663/149‑1 (MQ=255) gCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCg > 1:4682518/1‑149 (MQ=255) cTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGa < 2:3720346/149‑1 (MQ=255) tCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGAt < 1:873386/149‑1 (MQ=255) ccAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGATACCaa > 1:3528410/1‑149 (MQ=255) cAGTCACTGCCGCGCGTGCAGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGATACCaaa > 1:3926999/1‑149 (MQ=255) gTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGATACCAAAGt < 1:2977028/149‑1 (MQ=255) cACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGATACCAAAGTcc < 1:4492442/149‑1 (MQ=255) cACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGATACCAAAGTcc < 2:3157737/149‑1 (MQ=255) tGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGATACCAAAGTCCTGc < 2:2644395/149‑1 (MQ=255) tGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGATACCAAAGTCCTGCGGAATGGCa > 2:4612429/1‑149 (MQ=255) gCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGATACCAAAGTCCTGCGGAATGGCAc < 2:2881284/149‑1 (MQ=255) gCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGATACCAAAGTCCTGCGGAATGGCAc < 2:2881238/149‑1 (MQ=255) ccGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGATACCAAAGTCCTGCGGAATGGCACg > 1:4413252/1‑149 (MQ=255) cGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGTGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGATACCAAAGTCCTGCGGAATGGCACgg < 2:4059304/149‑1 (MQ=255) cGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGATACCAAAGTCCTGCGGAATGGCAcag < 1:1273259/149‑3 (MQ=255) | GACAGGCCACCGGGCATGTCGGCTTCACCGTCGTAATATTGCAGCAGGCTGTTGAAGGTGTGCACCTCATCCGGCGCATATTTGCTTTTCAGCATCAGGTCGTCGATGCGGGTGGCGCTGTGCTCGCGCCAGTCACTGCCGCGCGTGCCGGAGTAGAGCAGCGCGGTGCCAAAACCGTTGTCCGCTGTGCCGCCCACCATCAGGTTGTGCGTCTCTTTCGGGTTGTTTTGTGAAGAGGTTGGGCTGAGCTGACCTTCCACGCCCGCCTCGATACCAAAGTCCTGCGGAATGGCACGG > CP009273/4505452‑4505748 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |