Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,523,001 | T→A | 100% | intergenic (‑1/+55) | yjhP ← / ← yjhQ | putative methyltransferase/putative acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,523,001 | 0 | T | A | 99.3% | 975.0 / ‑2.5 | 285 | intergenic (‑1/+55) | yjhP/yjhQ | putative methyltransferase/putative acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (126/157); total (128/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
CCGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATTATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTCCGGTTTCATCAGGGTCTGCGCACCGGATGTGGCCGGTCAGGGTCATGGGCTGAGCGGTGAGTGATTGCATCATCCAG > CP009273/4522859‑4523146 | ccGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTaa > 1:2144431/1‑149 (MQ=255) gCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGt < 2:4653347/149‑1 (MQ=255) gCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGt < 2:4360738/149‑1 (MQ=255) ccGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTAtt < 1:3611579/149‑1 (MQ=255) aGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTggg < 1:4600292/149‑1 (MQ=255) ggTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGt > 2:2190089/1‑149 (MQ=255) ggTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGt < 1:3894861/149‑1 (MQ=255) ggTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGt < 2:1888648/149‑1 (MQ=255) ggTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGt < 2:4462938/149‑1 (MQ=255) tCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTa > 1:2771247/1‑149 (MQ=255) cAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTaa < 1:4404282/149‑1 (MQ=255) aGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGc > 1:3267057/1‑149 (MQ=255) aaTGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCt < 2:397715/149‑1 (MQ=255) aTGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCtt < 2:1685185/149‑1 (MQ=255) 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tGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAgg < 1:192884/149‑1 (MQ=255) tGCCCGGCTTCATGCGCAGAACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAgg > 2:2319352/1‑149 (MQ=255) gCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGa < 2:4135591/149‑1 (MQ=255) ccGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGaca > 1:1507422/1‑149 (MQ=255) cGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGacac < 2:1489732/149‑1 (MQ=255) ggCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGAcaca > 2:3333437/1‑149 (MQ=255) ggCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGAcaca < 1:2436606/149‑1 (MQ=255) cTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACacaac > 2:471652/1‑149 (MQ=255) tGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGAt < 1:97946/149‑1 (MQ=255) tGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGAt > 1:1743855/1‑149 (MQ=255) tGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGAt < 2:3269611/149‑1 (MQ=255) tGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGAt < 1:4294217/149‑1 (MQ=255) cagcaCGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGtt < 1:4651132/149‑1 (MQ=255) caCGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTAtt < 2:2909676/149‑1 (MQ=255) aCGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTc < 2:979643/149‑1 (MQ=255) cgACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACg < 2:2750731/149‑1 (MQ=255) gACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGt < 1:1381605/149‑1 (MQ=255) gACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGt < 2:3302354/149‑1 (MQ=255) cccAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCa > 1:365520/1‑149 (MQ=255) cccAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGGTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCa > 2:4000044/1‑149 (MQ=255) ccAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTTGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAg > 2:2618328/1‑149 (MQ=255) cAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGt < 2:1690374/149‑1 (MQ=255) gCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGc < 2:29665/149‑1 (MQ=255) gCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGc < 2:30007/149‑1 (MQ=255) gTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTc < 2:2410822/149‑1 (MQ=255) tGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTcc < 1:1802433/149‑1 (MQ=255) gCGTACTTCTCTTCGGTGTACGGGTTTTGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTCCgg < 2:3861979/149‑1 (MQ=255) cGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTCCGGt < 1:2408239/149‑1 (MQ=255) cGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTCCGGt < 1:14277/149‑1 (MQ=255) gTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTCCGGtt < 1:2754866/149‑1 (MQ=255) 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gTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTCCGGTTTCATCAGGGTCTg > 1:4699268/1‑149 (MQ=255) cGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTCCGGTTTCATCAGGGTCTGCGCAc < 1:1197736/149‑1 (MQ=255) gggTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTCCGGTTTCATCAGGGTCTGCGCAcc > 1:2596830/1‑149 (MQ=255) gTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTCCGGTTTCATCAGGGTCTGCGCACCgg > 2:862158/1‑149 (MQ=255) tATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTCCGGTTTCATCAGGGTCTGCGCACCGGAt < 2:416416/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |