| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 4,546,426 | 0 | G | T | 5.4% | 854.8 / 17.2 | 223 | intergenic (‑289/‑384) | yjiC/iraD | uncharacterized protein/RpoS stabilzer after DNA damage, anti‑RssB factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (115/96); new base T (8/4); total (123/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
AACACTCTAAAGTATCAAAAAACGCTCATTTAAAATTATTTGCATGCAATTTAAAAGCATATCTTATTACTAATTGGAATTTGATGTTGCTATATTGAGGTCTATATTAATAATGCCTGTGAATGGTATTTTTGATGTATTTGATATGTTATCAATTTATATTATTTACAAACTAATTGTTTCAAATAATACATGGCTGATTATGCGGAAATAAATAATTTCCCACCGGAATTAAGTAGCAGCGGTGACAAGTATTTTCATCTACGTAACTATTCGGAATATTCAGAATATACTAG > CP009273/4546279‑4546574 | aaCACTCTAAAGTATCAAAAAACGCTCATTTAAAATTATTTGCATGCAATTTAAAAGCATATCTTATTACTAATTGGAATTTGATGTTGCTATATTGAGGTCTATATTAATAATGCCTGTGAATGGTATTTTTGATGTATTTGATATGt > 1:1910848/1‑149 (MQ=255) cacTCTAAAGTATCAAAAAACGCTCATTTAAAATTATTTGCATGCAATTTAAAAGCATATCTTATTACTAATTGGAATTTGATGTTGCTATATTGAGGTCTATATTAATAATGCCTGTGAATGGTATTTTTGATGTATTTGATATGTTa > 2:2552717/1‑149 (MQ=255) cacTCTAAAGTATCAAAAAACGCTCATTTAAAATTATTTGCATGCAATTTAAAAGCATATCTTATTACTAATTGGAATTTGATGTTGCTATATTGAGGTCTATATTAATAATGCCTGTGAATGGTATTTTTGATGTATTTGATATGTTa < 2:323659/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |