| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,586,074 | G→T | 5.1% | V90F (GTT→TTT) | yjjN → | L‑galactonate oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,586,074 | 0 | G | T | 5.1% | 1218.1 / 24.5 | 311 | V90F (GTT→TTT) | yjjN | L‑galactonate oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (156/139); new base T (10/6); total (166/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
CGGTACCGATATTCATGCCTGGGGTGGAAATCAACCATTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGCCATGAAATATGTGGGGAGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCTGTGATCCCTTATGTTGCCTGTCAGCAATGCCCGGCGTGTAAAAGCGGGCGTACCAATTGCTGTGAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTATTTGAGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGACGGTATTGACC > CP009273/4585926‑4586221 | gTACCGATATTCATGCCTGGGGTGGAAATCAACCATTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGCCATGAAATATGTGGGGAGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCTGTGATCCCTTATGtt > 1:4546666/1‑149 (MQ=255) gTACCGATATTCATGCCTGGGGTGGAAATCAACCATTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGCCATGAAATATGTGGGGAGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCTGTGATCCCTTATGtt < 1:4636995/149‑1 (MQ=255) ccGATATTCATGCCTGGGGTGGAAATCAACCATTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGCCATGAAATATGTGGGGAGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCTGTGATCCCTTATGTTGcc < 1:3959599/149‑1 (MQ=255) atatTCATGCCTGGGGTGGAAATCAACCATTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGCCATGAAATATGTGGGGAGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCTGTGATCCCTTATGTTGCCTGt < 2:2348379/149‑1 (MQ=255) atTCATGCCTGGTGTGGAAATCAAACATTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGCCATGAAATATGTGGGGAGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCTGTGATCCCTTATGTTGCCTGTCa < 1:4320323/149‑1 (MQ=255) ttCATGCCTGGGGTGGAAATCAACCATTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGCCATGAAATATGTGGGGAGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCTGTGATCCCTTATGTTGCCTGTCAg > 1:981160/1‑149 (MQ=255) aTGCCTGGGGTGGAAATCAACCATTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGCCATGAAATATGTGGGGAGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCTGTGATCCCTTATGTTGCCTGTCAGCaa < 2:1889975/149‑1 (MQ=255) tGCCTGGGGTGGAAATCAACCATTTTTTAGTTATCCACGTGTTTTAGGCCATGAAATATGTGGGGAGATTGTTGGGCTGGGTAAAAATATTGCTGATCTTAAAAATGGTCAGCAAGTTGCTGTGATCCCTTATGTTGCCTGTCAGCAAt < 2:861624/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |