| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 416,199 | G→T | 14.2% | D385Y (GAC→TAC) | brnQ → | branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein; LIV‑II transport system for Ile, Leu, and Val |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 416,199 | 0 | G | T | 14.2% | 861.0 / 81.5 | 271 | D385Y (GAC→TAC) | brnQ | branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein; LIV‑II transport system for Ile, Leu, and Val |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (128/104); new base T (26/13); total (154/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
TGATCCAGATCTCCGTACCGGTGCTGACCGCTATTTATCCGCCGTGTATCGCACTGGTTGTATTAAGTTTTACACGCTCATGGTGGCATAATTCGTCCCGCGTGATTGCTCCGCCGATGTTTATCAGCCTGCTTTTTGGTATTCTCGACGGGATCAAAGCATCTGCATTCAGCGATATCTTACCGTCCTGGGCGCAGCGTTTACCGCTGGCCGAACAAGGTCTGGCGTGGTTAATGCCAACAGTGGTGATGGTGGTTCTGGCCATTATCTGGGATCGCGCGGCAGGTCGTCAGGT > CP009273/416053‑416347 | tGATCCAGATCTCCGTACCGGTGCTGACCGCTATTTATCCGCCGTGTATCGCACTGGTTGTATTAAGTTTTACACGCTCATGGTGGCATAATTCGTCCCGCGTGATTGCTCCGCCGATGTTTATCAGCCTGCTTTTTGGTATTCTCGAc < 1:1026128/149‑1 (MQ=255)tGATCCAGATCTCCGTACCGGTGCTGACCGCTATTTATCCGCCGTGTATCGCACTGGTTGTATTAAGTTTTACACGCTCATGGTGGCATAATTCGTCCCGCGTGATTGCTCCGCCGATGTTTATCAGCCTGCTTTTTGGTATTCTCGAc > 1:1576856/1‑149 (MQ=255) gATCCAGATCTCCGTACCGGTGCTGACCGCTATTTATCCGCCGTGTATCGCACTGGTTGTATTAAGTTTTACACGCTCATGGTGGCATAATTCGTCCCGCGTGATTGCTCCGCCGATGTTTATCAGCCTGCTTTTTGGTATTCTCGACg > 2:2839037/1‑149 (MQ=255) 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aTCTCCGTACCGGTGCTGACCGCTATTTATCCGCCGTGTATCGCACTGGTTGTATTAAGTTTTACACGCTCATGGTGGCATAATTCGTCCCGCGTGATTGCCCCGCCGATGTTTATCAGCCTGCTTTTTGGTATTCTCGACGGGATCaa < 1:421728/149‑1 (MQ=255) ctcCGTACCGGTGCTGACCGCTATTTATCCGCCGTGTATCGCACTGGTTGTATTAAGTTTTACACGCTCATGGTGGCATAATTCGTCCCGCGTGATTGCTCCGCCGATGTTTATCAGCCTGCTTTTTGGTATTCTCTACGGGATCAAAg < 1:1726003/149‑1 (MQ=255) tcCGTACCGGTGCTGACCGCTATTTATCCGCCGTGTATCGCACTGGTTGTATTAAGTTTTACACGCTCATGGTGGCATAATTCGTCCCGCGTGATTGCTCCGCCGATGTTTATCAGCCTGCTTTTTGGTATTCTCTACGGGATCAAAGc > 1:3109192/1‑149 (MQ=255) tcCGTACCGGTGCTGACCGCTATTTATCCGCCGTGTATCGCACTGGTTGTATTAAGTTTTACACGCTCATGGTGGCATAATTCGTCCCGCGTGATTGCTCCGCCGATGTTTATCAGCCTGCTTTTTGGTATTCTCGACGGGATCAAAGc > 2:4113016/1‑149 (MQ=255) cGTACCGGTGCTGACCGCTATTTATCCGCCGTGTATCGCACTGGTTGTATTAAGTTTTACACGCTCATGGTGGCATAATTCGTCCCGCGTGATTGCTCCGCCGATGTTTATCAGCCTGCTTTTTGGTATTCTCGACGGGATCAAAGCAt < 2:2378684/149‑1 (MQ=255) 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tcGACGGGATCAAAGCATCTGCATTCAGCGATATCTTACCGTCCTGGGCGCAGCGTTTACCGCTGGCCGAACAAGGTCTGGCGTGGTTAATGCCAACAGTGGTGATGGTGGTTCTGGCCATTATCTGGGATCGCGCGGCAGGTCGTCAg > 1:838099/1‑149 (MQ=255) gACGGGATCAAAGCATCTGCATTCAGCGATATCTTACCGTCCTGGGCGCAGCGTTTACCGCTGGCCGAACAAGGTCTGGCGTGGTTAATGCCAACAGTGGTGATGGTGGTTCTGGCCATTATCTGGGATCGCGCGGCAGGTCGTCAGGt > 2:149344/1‑149 (MQ=255) | TGATCCAGATCTCCGTACCGGTGCTGACCGCTATTTATCCGCCGTGTATCGCACTGGTTGTATTAAGTTTTACACGCTCATGGTGGCATAATTCGTCCCGCGTGATTGCTCCGCCGATGTTTATCAGCCTGCTTTTTGGTATTCTCGACGGGATCAAAGCATCTGCATTCAGCGATATCTTACCGTCCTGGGCGCAGCGTTTACCGCTGGCCGAACAAGGTCTGGCGTGGTTAATGCCAACAGTGGTGATGGTGGTTCTGGCCATTATCTGGGATCGCGCGGCAGGTCGTCAGGT > CP009273/416053‑416347 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |