| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 417,087 | G→T | 5.0% | E216* (GAA→TAA) | proY → | proline‑specific permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 417,087 | 0 | G | T | 5.0% | 1043.7 / 17.6 | 266 | E216* (GAA→TAA) | proY | proline‑specific permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (128/124); new base T (5/9); total (133/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
GTTTCGGCATCATCATCTGGGGGATTGGCAACGGCGGGCAACCGACCGGTATTCATAACCTGTGGAGCAACGGCGGCTTCTTCAGTAACGGCTGGCTTGGCATGGTAATGTCGTTGCAAATGGTGATGTTTGCTTACGGTGGGATCGAAATTATCGGGATTACCGCCGGTGAAGCGAAAGATCCTGAGAAATCGATACCGCGTGCGATTAACTCCGTGCCGATGCGTATTCTGGTGTTCTACGTCGGTACGCTGTTCGTCATTATGTCTATCTACCCGTGGAATCAGGTTGGCAC > CP009273/416941‑417235 | gTTTCGGCATCATCATCTGGGGGATTGGCAACGGCGGGCAACCGACCGGTATTCATAACCTGTGGAGCAACGGCGGCTTCTTCAGTAACGGCTGGCTTGGCATGGTAATGTCGTTGCAAATGGTGATGTTTGCTTACGGTGGGATCGaa > 2:1143269/1‑149 (MQ=255) tttCGGCATCATCATCTGGGGGATTGGCAACGGCGGGCAACCGACCGGTATTCATAACCTGTGGAGCAACGGCGGCTTCTTCAGTAACGGCTGGCTTGGCATGGTAATGTCGTTGCAAATGGTGATGTTTGCTTACGGTGGGATCGaaa > 1:1604464/1‑149 (MQ=255) ggCATCATCATCTGGGGGATTGGCAACGGCGGGCAACCGACCGGTATTCATAACCTGTGGAGCAACGGCGGCTTCTTCAGTAACGGCTGGCTTGGCATGGTAATGTCGTTGCAAATGGTGATGTTTGCTTACGGTGGGATCGAAATTAt < 2:178829/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |