| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 42,079 | G→A | 7.7% | intergenic (‑148/‑324) | caiT ← / → fixA | putative transporter/anaerobic carnitine reduction putative electron transfer flavoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 42,079 | 0 | G | A | 7.7% | 904.5 / 41.7 | 261 | intergenic (‑148/‑324) | caiT/fixA | putative transporter/anaerobic carnitine reduction putative electron transfer flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (115/126); new base A (7/13); total (122/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TGAGTTAATTCCACTGTGAAAACGAATATTTATTTTGCGTTCCCGTTTGTTTTATTTTTGTTAACATTTAATATAATTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTG > CP009273/41931‑42226 | tGAGTTAATTCCACTGTGAAAACGAATATTTATTTTGCGTTCCCGTTTGTTTTATTTTTGTTAACATTTAATATAATTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTgg < 1:432570/149‑1 (MQ=255) gAGTTAATTCCACTGTGAAAACGAATATTTATTTTGCGTTCCCGTTTGTTTTATTTTTGTTAACATTTAATATAATTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGt < 1:3663955/149‑1 (MQ=255) aGTTAATTCCACTGTGAAAACGAATATTTATTTTGCGTTCCCGTTTGTTTTATTTTTGTTAACATTTAATATAATTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTa > 2:3592439/1‑149 (MQ=255) 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aTTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGaaa > 2:2201222/1‑149 (MQ=255) aTTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGaaa < 1:2889770/149‑1 (MQ=255) ttCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGaaaa > 1:753178/1‑149 (MQ=255) ttCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGaaaa < 1:68095/149‑1 (MQ=255) ttCTGTGATTGATATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGaaaa < 2:2316208/149‑1 (MQ=255) 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tGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCttttt > 2:259231/1‑149 (MQ=255) ggTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAAATTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTACTTTTTg > 2:180910/1‑149 (MQ=255) | TGAGTTAATTCCACTGTGAAAACGAATATTTATTTTGCGTTCCCGTTTGTTTTATTTTTGTTAACATTTAATATAATTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTG > CP009273/41931‑42226 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |