| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 42,415 | A→C | 7.9% | T5P (ACT→CCT) | fixA → | anaerobic carnitine reduction putative electron transfer flavoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 42,415 | 0 | A | C | 7.9% | 704.4 / 46.5 | 247 | T5P (ACT→CCT) | fixA | anaerobic carnitine reduction putative electron transfer flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (119/108); new base C (13/7); total (132/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
TTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTGATATCTGTAATTAACACCACCGATATGAACGACGTTTCCTTCATGATTTCTGGAGATGCAATGAAGATTATTACTTGCTATAAGTGCGTGCCTGATGAACAGGATATTGCGGTCAATAATGCTGATGGTTCATTAGACTTCAGCAAAGCCGATGCCAAAATAAGCCAATACGATCTCAACGCTATTGAAGCGGCTTGCCAGCTAAAGCAACAGGCAGCAGA > CP009273/42267‑42563 | gAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTGATATCTGTAATTAACACCACCGATATGAACGACGTTTCCTTCATGATTTCTGGAGATGCAATGAAGATTATTACt < 2:243535/149‑1 (MQ=255) gAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTGATATCTGTAATTAACACCACCGATATGAACGACGTTTCCTTCATGATTTCTGGAGATGCAATGAAGATTATTACt < 2:2856290/149‑1 (MQ=255) aaaGTTGGATTTATCTGCGTGTGAATTTTTCATTATTGGTGATTATATTTTTATTTCAAATTTAAAGGGCGTTATATCTGTAATTAACACCACCGATATGAACGACTTTTCCTTCATGATTTCTGGAGATGCAATGAAGATTATTACtt < 1:3595994/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |