| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 486,494 | C→A | 85.0% | R53S (CGC→AGC) | ybaN → | DUF454 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 486,494 | 0 | C | A | 85.0% | 648.7 / 132.1 | 288 | R53S (CGC→AGC) | ybaN | DUF454 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/25); new base A (124/121); total (142/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
TCATTTTAATCATCATTGGCTGGCTGGCGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACCGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGGCAGAAACATCATGCGATGCCGCGCGGCGTCAAACCGCGGGCGATTTTGCTTATTTTGCTCACGTTTGCCATTTCTCTGTGGTTCGTCCAGATGCCATGGGTGCGCATCATGTTGCT > CP009273/486348‑486642 | tCATTTTAATCATCATTGGCTGGCTGGCGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGc > 2:576413/1‑149 (MQ=255) aTTTTAATCATCATTGGCTGGCTGGCGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTc > 2:1518478/1‑149 (MQ=255) aTTTTAATCATCATTGGCTGGCTGGCGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTc < 2:4498158/149‑1 (MQ=255) ttttAATCATCATTGGCTGGCTGGCGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCa < 2:3115347/149‑1 (MQ=255) ttttAATCATCATTGGCTGGCTGGCGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCa > 2:3992424/1‑149 (MQ=255) tttAATCATCATTGGCTGGCTGGCGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATACTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCAt > 1:3593727/1‑149 (MQ=255) ttAATCATCATTGGCTGGCTGGCGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATg < 2:1127520/149‑1 (MQ=255) aaTCATCATTGGCTGGCTGGCGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGt < 2:1111085/149‑1 (MQ=255) atcatcATTGGCTGGCTGGCGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACCGCTCATGGtt < 1:2032630/149‑1 (MQ=255) catcatTGGCTGGCTGGCGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACCGCTCATGGTTTg > 1:3697094/1‑149 (MQ=255) tcatTGGCTGTCTGGCTTTAGTGCTGGGAACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGTCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTCGTTGATGTACATCTCATGGttagtc > 2:515475/1‑145 (MQ=255) catTGGCTGGCTGGCGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCa < 1:4310344/149‑1 (MQ=255) tggctggctggcGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCt < 2:1841759/149‑1 (MQ=255) ggctggctggcGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTa > 2:2304227/1‑149 (MQ=255) tggctggcGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACCGCTCATGGTTTGGCAGCTATCt > 1:1753814/1‑149 (MQ=255) tggctggcGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACCGCTCATGGTTTGGCAGCTATCt > 1:4478362/1‑149 (MQ=255) tggctggcGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACCGCTCATGGTTTGGCAGCTATCt < 1:4629772/149‑1 (MQ=255) ggctggcGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACCGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTa > 1:1182981/1‑149 (MQ=255) ggcGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGtt > 1:2344013/1‑149 (MQ=255) gcGGTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGttt > 2:2478302/1‑149 (MQ=255) gTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACCGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTg > 1:1628239/1‑149 (MQ=255) gTAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTg < 1:3842481/149‑1 (MQ=255) tAGTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACCGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTgg > 2:4665320/1‑149 (MQ=255) gTGCTGGGTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGGCa < 2:4310526/149‑1 (MQ=255) gggTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGGCAGAAAc > 1:3392980/1‑149 (MQ=255) gTACGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGGCAGAAAcat > 1:3719815/1‑149 (MQ=255) aCGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACCGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGGCAGAAAcatca > 1:2977445/1‑149 (MQ=255) aCGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGGCAGAAAcatca < 1:2363571/149‑1 (MQ=255) aCGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGGCAGAAAcatca < 1:4019374/149‑1 (MQ=255) aCGCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGGCAGAAAcatca < 2:3748585/149‑1 (MQ=255) gCTGGGCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGGCAGAAACATCATg < 2:2412805/149‑1 (MQ=255) gggCGTGGTTTTTCCGGTATGACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTACCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGTTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGTCAGAAACATCATGCGa < 2:1149343/149‑1 (MQ=255) gggCGTGGTATTACCGGTATTACCGACGACGCCGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGGCAGAAACATCATGCGa < 1:2799366/149‑1 (MQ=255) 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ccGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGGCAGAAACATCATGCGATGCCGCGCGGCGTCAAACCGCGGGCGAtttt < 1:588460/149‑1 (MQ=255) ccGTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGGCAGAAACATCATGCGATGCCGCGCGGCGTCAAACCGCGGGCGAtttt > 1:1405749/1‑149 (MQ=255) gTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGGCAGAAACATCATGCGATGCCGCGCGGCGTCAAACCGCGGGCGATTTTgg < 2:4033566/149‑2 (MQ=255) gTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGGCAGAAACATCATGCGATGCCGCGCGGCGTCAAACCGCGGGCGATTTTGc > 2:2606472/1‑149 (MQ=255) gTTTATCCTGCTGGCGGCCTGGTGCTTTGCCCGTTCTTCCCCGCGCTTTCACGCCTGGTTGCTGTACAGCTCATGGTTTGGCAGCTATCTACGTTTCTGGCAGAAACATCATGCGATGCCGCGCGGCGTCAAACCGCGGGCGATTTTGc > 2:3776953/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |