| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 512,167 | G→T | 5.4% | A43A (GCG→GCT) | fetB → | iron exporter permease subunit, ABC transporter FetAB; peroxide resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 512,167 | 0 | G | T | 5.4% | 1143.8 / 19.7 | 295 | A43A (GCG→GCT) | fetB | iron exporter permease subunit, ABC transporter FetAB; peroxide resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (128/148); new base T (4/14); total (133/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
AAATGCAGGAAGCACGCTATGAACTCGCATAATATTACTAACGAATCATTAGCACTGGCATTAATGCTGGTGGTGGTGGCAATCTTAATTAGCCATAAAGAAAAACTGGCGCTGGAGAAAGATATTCTCTGGAGCGTCGGGCGAGCGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGATGATGCCAGCCTGACATTATTGATGGTGTTATTTATCTGCTTTAATGCGGCGTGGAACGCGCAAAAACGCAGTAAATATATTGCTAAAGCTTTT > CP009273/512021‑512314 | aaaTGCAGGAAGCACGCTATGAACTCGCATAATATTACTAACGAATCATTAGCACTGGCATTAATGCTGGTGGTGGTGGCAATCTTAATTAGCCATAAAGAAAAACTGGCGCTGGAGAAAGATATTCTCTGGAGCGTCGGGCGAGCGAt < 2:799778/149‑1 (MQ=255)aaaTGCAGGAAGCACGCTATGAACTCGCATAATATTACTAACGAATCATTAGCACTGGCATTAATGCTGGTGGTGGTGGCAATCTTAATTAGCCATAAAGAAAAACTGGCGCTGGAGAAAGATATTCTCTGGAGCGTCGGGCGAGCGAt < 1:4014052/149‑1 (MQ=255) aTGCAGGAAGCACGCTATGAACTCGCATAATATTACTAACGAATCATTAGCACTGGCATTAATGCTGGTGGTGGTGGCAATCTTAATTAGCCATAAAGAAAAACTGGCGCTGGAGAAAGATATTCTCTGGAGCGTCGGGCGAGCGATaa > 1:1185078/1‑149 (MQ=255) aTGCAGGAAGCACGCTATGAACTCGCATAATATTACTAACGAATCATTAGCACTGGCATTAATGCTGGTGGTGGTGGCAATCTTAATTAGCCATAAAGAAAAACTGGCGCTGGAGAAAGATATTCTCTGGAGCGTCGGGCGAGCGATaa 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ggAGCGTCGGGCGAGCGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGATGATGCCAGCCTGACATTATTGATGGTGTTATTTATCTGCTTTAATGCGGCGTGGAACGCGCAAAAACGCAGTAAatat > 2:1395849/1‑149 (MQ=255) aGCGTCGGGCGAGCGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGATGATGCCAGCCTGACATTATTGATGGTGTTATTTATCTGCTTTAATGCGGCGTGGAACGCGCAAAAACGCAGTAAatatat < 2:2024885/149‑1 (MQ=255) gCGTCGGGCGAGCGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGATGATGCCAGCCTGACATTATTGATGGTGTTATTTATCTGCTTTAATGCGGCGTGGAACGCGCAAAAACGCAGTAAATATAtt < 2:3621622/149‑1 (MQ=255) gCGTCGGGCGAGCGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGATGATGCCAGCCTGACATTATTGATGGTGTTATTTATCTGCTTTAATGCGGCGTGGAACGCGCAAAAACGCAGTAAATATAtt > 2:2512348/1‑149 (MQ=255) cGGGCGAGCGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGATGATGCCAGCCTGACATTATTGATGGTGTTATTTATCTGCTTTAATGCGGCGTGGAACGCGCAAAAACGCAGTAAATATATTGCTa < 2:3799254/149‑1 (MQ=255) 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agcgaTAAGTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGATGATGCCAGCCTGACATTATTGATGGTGTTATTTATCTGCTTTAATGCGGCGTGGAACGCGCAAAAACGCAGTAAATATATTGCTAAAGCtt < 1:3191348/149‑1 (MQ=255) | AAATGCAGGAAGCACGCTATGAACTCGCATAATATTACTAACGAATCATTAGCACTGGCATTAATGCTGGTGGTGGTGGCAATCTTAATTAGCCATAAAGAAAAACTGGCGCTGGAGAAAGATATTCTCTGGAGCGTCGGGCGAGCGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGATGATGCCAGCCTGACATTATTGATGGTGTTATTTATCTGCTTTAATGCGGCGTGGAACGCGCAAAAACGCAGTAAATATATTGCTAAAGCTTTT > CP009273/512021‑512314 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |