| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 638,123 | G→T | 9.9% | G194C (GGT→TGT) | ybdR → | putative Zn‑dependent NAD(P)‑binding oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 638,123 | 0 | G | T | 9.9% | 1065.5 / 59.4 | 303 | G194C (GGT→TGT) | ybdR | putative Zn‑dependent NAD(P)‑binding oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (132/141); new base T (18/12); total (150/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
CCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGC‑AAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGATTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGATCCCGATTAATTTTGATGAAGACAGCGA > CP009273/637975‑638271 | gcgTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGC‑AAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGt < 2:945956/149‑1 (MQ=255) gcgTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGC‑AAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGt < 2:3762624/149‑1 (MQ=255) tCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTGTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGC‑AAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCt < 1:2816353/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |