Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 647,509 | T→C | 100% | intergenic (‑197/‑182) | citC ← / → citA | [citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 647,509 | 0 | T | C | 97.6% | 785.5 / 3.9 | 207 | intergenic (‑197/‑182) | citC/citA | [citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/5); new base C (101/101); total (101/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACAT > CP009273/647363‑647653 | tgttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtcta < 1:1138087/149‑1 (MQ=255) gttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATATAGTTAGTGGTTTtctat > 1:4365441/1‑149 (MQ=255) gttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATACTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTAAAATAGAGTTAGTGGTTTtctat > 1:3789415/1‑149 (MQ=255) aTGTTGCAGACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctatttatt < 2:1621765/149‑1 (MQ=255) aTGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctatttatt > 2:922076/1‑149 (MQ=255) aTGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctatttatt < 1:4612862/149‑1 (MQ=255) ttGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTaa > 2:2410802/1‑149 (MQ=255) ttGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTAGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTaa > 2:1773002/1‑149 (MQ=255) ttGCAAACAGATAACCTTTTATTTACACTTAGGAGAAAGGGGGTGATCGAAGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTCTTTCGGCG‑TGAAAGTTTGATTTATGTCACATAGAGTTAGAGGTTTTCTATTTATTTaa > 2:3930853/1‑149 (MQ=255) aCTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGAttt > 1:1641588/1‑149 (MQ=255) aCTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGAttt > 2:3361002/1‑149 (MQ=255) cTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGAtttt > 2:3517221/1‑149 (MQ=255) tGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTa > 1:411857/1‑149 (MQ=255) aTAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAg < 2:4515381/149‑1 (MQ=255) aacTTTTATTTTCAATTGGGAGAAAGTGTGTTATCGATTTATATCTTTTTCTCCTTTAGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCTGCG‑TTAAATTTTGATTTATTTAACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGttt < 2:1536023/147‑1 (MQ=255) aCCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGttt < 1:3385143/149‑1 (MQ=255) aCCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGttt < 1:2509321/149‑1 (MQ=255) ccTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtttt < 1:1728293/149‑1 (MQ=255) ccTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtttt < 2:324696/149‑1 (MQ=255) ccTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCCTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtttt > 2:83045/1‑149 (MQ=255) cTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGttttt > 1:3455642/1‑149 (MQ=255) cTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGGATATCTTTTTCTCCTTTAGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTACACATAGAGATAGTGGTTTTCTATATATTTAATGATTTTAAGtttat > 1:3455421/1‑147 (MQ=255) ttttATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtttttt > 1:2799247/1‑149 (MQ=255) ttttATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtttttt > 2:1223794/1‑149 (MQ=255) tttATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTtta > 2:4188252/1‑149 (MQ=255) tttATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTtta < 1:1547722/149‑1 (MQ=255) aTTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTttaatt < 1:1769179/149‑1 (MQ=255) tCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATg < 2:357847/149‑1 (MQ=255) tCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATg < 1:2100499/149‑1 (MQ=255) tCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATg < 1:1727253/149‑1 (MQ=255) ttGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAAt > 1:1463266/1‑149 (MQ=255) ttGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAAt > 1:1463112/1‑149 (MQ=255) tGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAAtt > 2:2246076/1‑149 (MQ=255) 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aaaGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGaaa > 2:3441739/1‑149 (MQ=255) aaGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAAt > 1:4193126/1‑149 (MQ=255) gggggTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGa > 2:2855565/1‑149 (MQ=255) tGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAACTTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGc > 2:387535/1‑149 (MQ=255) gATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCa > 2:1459321/1‑149 (MQ=255) 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tataTCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAg < 1:4414385/149‑1 (MQ=255) tataTCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAg < 1:3945601/149‑1 (MQ=255) atatCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGt > 2:773812/1‑149 (MQ=255) tCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgat < 1:3259954/149‑1 (MQ=255) tCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgat > 2:888606/1‑149 (MQ=255) 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tataCATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGaa < 2:365056/149‑1 (MQ=255) tataCATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGaa > 1:863309/1‑149 (MQ=255) ataCATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAAt > 2:1695970/1‑149 (MQ=255) ataCATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAAt > 2:726904/1‑149 (MQ=255) aCATCCTAAGGAGTATTTCGGCG‑TGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATaa < 2:3757605/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |