Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 699,157 | C→T | 24.8% | intergenic (‑90/‑243) | nagB ← / → nagE | glucosamine‑6‑phosphate deaminase/fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 699,157 | 0 | C | T | 24.8% | 603.7 / 199.9 | 286 | intergenic (‑90/‑243) | nagB/nagE | glucosamine‑6‑phosphate deaminase/fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/127); new base T (29/41); total (117/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.59e-01 |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
ATATGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAGATGATCTA > CP009273/699009‑699305 | atatGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGAc > 2:3209363/1‑149 (MQ=255) atatGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGAc > 2:2727657/1‑149 (MQ=255) tatGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGAcc > 2:2492320/1‑149 (MQ=255) tGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTg < 1:3057740/149‑1 (MQ=255) gCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGAt < 1:1480212/149‑1 (MQ=255) gCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGAt < 2:4510629/149‑1 (MQ=255) cGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGAtt < 2:3169919/149‑1 (MQ=255) gAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGAttt < 1:1157582/149‑1 (MQ=255) agcagcCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGAtttt < 2:72597/149‑1 (MQ=255) gcagcCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGATCTGAttttt > 2:558906/1‑149 (MQ=255) cagcCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGAtttttt < 1:3725867/149‑1 (MQ=255) cagcCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGAtttttt < 1:442814/149‑1 (MQ=255) agcCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTg < 1:2236078/149‑1 (MQ=255) 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ccTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAGATGATCTa < 1:2727657/149‑1 (MQ=255) ccTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAGATGATCTa < 1:3209023/149‑1 (MQ=255) | ATATGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATTTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAGATGATCTA > CP009273/699009‑699305 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |