| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 725,508 | C→A | 5.1% | A157E (GCA→GAA) | rhsC → | Rhs family putative polymorphic toxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 725,508 | 0 | C | A | 5.1% | 311.8 / 3.8 | 97 | A157E (GCA→GAA) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/45); new base A (3/2); total (50/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACTGTGGCTGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTA > CP009273/725451‑725655 | cACTGTGGCTGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGc < 1:1464523/149‑1 (MQ=11)cACTGTGGCTGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGc < 1:1464802/149‑1 (MQ=11)cACTGTGGCTGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGc > 2:104627/1‑149 (MQ=11)cACTGTGGCTGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGc < 1:2091285/149‑1 (MQ=11) aCTGTGGCTGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCt > 1:1490594/1‑149 (MQ=31) aCTGTGGCTGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCt > 1:3371362/1‑149 (MQ=31) aCTGTGGCTGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCt < 1:3965195/149‑1 (MQ=31) cTGTGGCTGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTg > 2:2335977/1‑149 (MQ=32) tgtgGCTGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTgg > 1:615786/1‑149 (MQ=32) gtgGCTGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgt < 2:2386845/149‑1 (MQ=32) ggCTGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtgt < 2:68535/149‑1 (MQ=32) ggCTGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtgt < 2:2092430/149‑1 (MQ=32) gCTGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGtgtg < 1:1934982/149‑1 (MQ=32) tGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAg < 2:1929080/149‑1 (MQ=32) ggTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGc > 2:848959/1‑149 (MQ=32) ggTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGAACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGc > 1:3301884/1‑149 (MQ=17) gTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCg < 2:3263919/149‑1 (MQ=32) gcgcGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCggg < 1:456526/149‑1 (MQ=32) gcgcGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCggg < 2:1774829/149‑1 (MQ=32) 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tGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCTGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCg > 2:1738280/1‑149 (MQ=17) tGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCg > 2:1738354/1‑149 (MQ=32) tGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCg > 2:3933841/1‑149 (MQ=32) tGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCg > 2:3131200/1‑149 (MQ=32) tGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCg < 1:4204348/149‑1 (MQ=32) 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gCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgccgcc < 1:1681902/149‑1 (MQ=32) gCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgccgcc < 1:1681816/149‑1 (MQ=32) gCCGAACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgccgcc > 1:2277043/1‑149 (MQ=17) gCCGAACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTgccgcc > 1:4429791/1‑149 (MQ=17) cGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTACGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGt < 1:1951521/149‑1 (MQ=17) gCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTa > 1:1881740/1‑149 (MQ=32) gCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTa > 1:3492040/1‑149 (MQ=32) gCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTa > 1:4396664/1‑149 (MQ=32) | CACTGTGGCTGGTGCGCGGCGGCGTGGCGAAACTGGATGAAGGTCACCGGCTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAGCGGATGAGGTGCTGCCTGCGCCGCTGCCGCCGTA > CP009273/725451‑725655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |