Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 730,891 | G→T | 31.5% | pseudogene (1303/1521 nt) | rhsO → | pseudogene, Rhs family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 730,891 | 0 | G | T | 31.5% | 494.3 / 223.3 | 270 | pseudogene (1303/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (95/90); new base T (43/42); total (138/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
GAAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCAACAG > CP009273/730743‑731038 | gAAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGgatg > 2:805969/1‑149 (MQ=255) aaaCAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGgatga > 2:4224782/1‑149 (MQ=255) aCAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGAtt < 2:505355/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |