| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 731,543 | A→T | 18.5% | S146S (TCA→TCT) | ybfC → | putative periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 731,543 | 0 | A | T | 18.5% | 650.5 / 137.7 | 259 | S146S (TCA→TCT) | ybfC | putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (103/108); new base T (29/19); total (132/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
ATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCGGCGATCGGTTTAGAAGTTATATAAGAGCGGGTATCTATCAAAAAAAGAGCAGTGATCCAGTTCAGTTGTTGGCAGTCCTTGATAATTCAATCATGGTAAAATATTTTAAAGATGAGAAACCAACTTATGCTCGAATGACAGCACATCTCCCGAACAAAAATGAGTCTTACGAATGTTTAATAAAGATACAGCATGAACTAATTCGTAGTGAAGAGAAATAAAATCTCTTCCTGAGAA > CP009273/731395‑731691 | aTGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCGGCGATCGGTTTAGAAGTTATATAAGAGCGGGTATCTATCAAAAAAAGAGCAGTGATCCAGTTCAGTTGTTGGCAGTCCTTGATAATTCa > 1:3068321/1‑149 (MQ=255) tGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCGGCGATCGGTTTAGAAGTTATATAAGAGCGGGTATCTATCAAAAAAAGAGCAGTGATCCAGTTCAGTTGTTGGCAGTCCTTGATAATTCaa > 2:1210097/1‑149 (MQ=255) gCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCGGCGATCGGTTTAGAAGTTATATAAGAGCGGGTATCTATCAAAAAAAGAGCAGTGATCCAGTTCAGTTGTTGGCAGTCCTTGATAATTCAAt < 1:3500017/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |