Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 743,797 | G→T | 88.1% | R214R (CGC→CGA) | ybgO ← | putative fimbrial protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 743,797 | 0 | G | T | 88.1% | 627.3 / 78.7 | 254 | R214R (CGC→CGA) | ybgO | putative fimbrial protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/12); new base T (95/125); total (117/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.18e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
GGTGCATTGATCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACGCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTAACGCTACCGGCACCGTCAAATTGCACGACGATATAGTCGCTAAGCGTACTTTGATAATCATGCGGCGGCATTTCTCGTATTTTGA > CP009273/743650‑743942 | ggTGCATTGATCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCAcgc < 2:2395321/149‑1 (MQ=255) gTGCATTGATCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCActcg > 1:2732360/1‑149 (MQ=255) gCATTGATCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACGCGaa < 1:3498688/149‑1 (MQ=255) aTTGATCGTTTTGGCTCTTGGTCGTGTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTTGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTAACAAAATAAAAAACCAGTGTTTCCGGTGTAATGGTAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATg > 1:2036272/1‑149 (MQ=255) tGATCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGtt < 1:4641492/149‑1 (MQ=255) gATCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTTACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGttt > 1:2347185/1‑149 (MQ=255) tCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTc < 1:3689625/149‑1 (MQ=255) cgatcttGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTc < 2:1866110/144‑1 (MQ=255) cGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATAAAGAACGTTTTCGACAATGTGTTGCGACGTATATACAGCAAATTAAATTTACCAAAAAAAAAAACCTGTGTTTACGGTGAAATTGAAAAAATTACGCTGCAAAACAGCACACGAATGttttac > 1:1300802/1‑147 (MQ=255) ggCTCTTGGTCGTTTTAATACATAACGTTTTAGACATTTTTTTGCGACGTAAATCCAGAAAATTAAATTTAACAAAAACAAAAACCAGTTTTTAAGGTTAAATTGAAAAAAAGACGCATCAATCCATCACTCGAAAGTTTTCCAGaaag > 1:1866110/1‑146 (MQ=255) tctTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTa < 2:2774509/149‑1 (MQ=255) ctTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAACTCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTaa < 2:2729408/149‑1 (MQ=255) ttGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAat < 1:2785893/149‑1 (MQ=255) ttGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACGCGAATGTTTTCCAGACCAGTAat < 1:168884/149‑1 (MQ=255) tGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAata < 1:368300/149‑1 (MQ=255) tGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAata < 1:4137096/149‑1 (MQ=255) tGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAata > 1:1584327/1‑149 (MQ=255) tGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAata < 1:4137150/149‑1 (MQ=255) 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gTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGata > 2:2201248/1‑149 (MQ=255) ttAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATAttt > 1:3226030/1‑149 (MQ=255) aaTACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCa > 1:1315870/1‑149 (MQ=255) aTACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGGTATTTCAg < 1:1487842/149‑1 (MQ=255) aTACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAg < 2:615668/149‑1 (MQ=255) 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cTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGtt < 2:4291782/149‑1 (MQ=255) cTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGtt < 2:3098292/149‑1 (MQ=255) tGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACGCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGttt < 1:1896378/149‑1 (MQ=255) aaCGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTg > 2:4226476/1‑149 (MQ=255) aCGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTgg < 2:4772339/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |