| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 867,350 | G→T | 25.5% | R2L (CGA→CTA) | gsiD → | glutathione transporter, permease component, ABC superfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 867,350 | 0 | G | T | 25.5% | 665.1 / 180.4 | 289 | R2L (CGA→CTA) | gsiD | glutathione transporter, permease component, ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (110/105); new base T (38/36); total (148/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
CTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGATGTGCTTTACGCCGCCATTAACCCGGCTATCAGGTACAAGTAAGGATGCGACTATTTAACTGGCGACGTCAGGCGGTGTTAAACGCCATGCCACTGGTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTATTGATT > CP009273/867202‑867498 | cTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGATGTGCTTTACTCCGCCATTAACCCGGCTATCAGGTACAAGTAATGATGCg > 1:4141587/1‑149 (MQ=255)cTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGATGTGCTTTACGCCGCCATTAACCCGGCTATCAGGTACAAGTAAGGATGCg > 1:3251292/1‑149 (MQ=255)cTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGATGTGCTTTACGCCGCCATTAACCCGGCTATCAGGTACAAGTAAGGATGCg > 1:348905/1‑149 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aGTAAGGATGCGACTATTTAACTGGCGACGTCAGGCGGTGTTAAACGCCATGCCACTGGTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGtta > 2:2220618/1‑149 (MQ=255) aaGGATGCGACTATTTAACTGGCGACGTCAGGCGGTGTTAAACGCCATGCCACTGGTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGttattt < 2:2783996/149‑1 (MQ=255) aaGGATGCGACTATTTAACTGGCGACGTCAGGCGGTGTTAAACGCCATGCCACTGGTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGttattt < 2:2198715/149‑1 (MQ=255) aGGATGCGACTATTTAACTGGCGACGTCAGGCGGTGTTAAACGCCATGCCACTGGTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGttatttt < 1:3876914/149‑1 (MQ=255) aGGATGCGACTATTTAACTGGCGACGTCAGGCGGTGTTAAACGCCATGCCACTGCTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGttatttt > 2:3660518/1‑149 (MQ=255) 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gACTATTTAACTGGCGACGTCAGGCGGTGTTAAACGCCATGCCACTGGTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTattgatt > 2:1722654/1‑149 (MQ=255) gACTATTTAACTGGCGACGTCAGGCGGTGTTAAACGCCATGCCACTGGTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTattgatt < 2:2355363/149‑1 (MQ=255) | CTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGATGTGCTTTACGCCGCCATTAACCCGGCTATCAGGTACAAGTAAGGATGCGACTATTTAACTGGCGACGTCAGGCGGTGTTAAACGCCATGCCACTGGTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTATTGATT > CP009273/867202‑867498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |