| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 82,037 | C→T | 85.5% | intergenic (+238/‑80) | leuO → / → ilvI | global transcription factor/acetolactate synthase 3 large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 82,037 | 0 | C | T | 85.5% | 587.0 / 87.2 | 221 | intergenic (+238/‑80) | leuO/ilvI | global transcription factor/acetolactate synthase 3 large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/19); new base T (94/94); total (108/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
TTTTAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTCTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGTTTTACACATTTTTTCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGTAT > CP009273/81891‑82183 | ttttAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGtttc < 1:1835286/149‑1 (MQ=255)ttttAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGtttc > 1:194509/1‑149 (MQ=255) tAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTgg < 2:939879/149‑1 (MQ=255) ggATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |