| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,015,042 | G→T | 8.5% | I156I (ATC→ATA) | ompA ← | outer membrane protein A (3a;II*;G;d) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,015,042 | 0 | G | T | 8.5% | 949.1 / 37.1 | 281 | I156I (ATC→ATA) | ompA | outer membrane protein A (3a;II*;G;d) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (117/137); new base T (11/16); total (128/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
GAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTG > CP009273/1014894‑1015190 | gAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCg < 2:2158371/149‑1 (MQ=255)gAGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCg > 1:2117899/1‑149 (MQ=255) aGCTGGAGCCGGAGCAACTACTGGAGCTGCTTCGCCCTGACCGAAACGGTAGGAAACACCCAGGCTCAGCATGCCGTTGTCCGGACGAGTGCCGATGGTGTGTGCGTCACCGATGTTGTTGGTCCACTGGTATTCCAGACGGGTAGCGa < 2:1358231/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |