| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,089,009 | G→T | 8.8% | V226V (GTG→GTT) | ycdT → | diguanylate cyclase, membrane‑anchored |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,089,009 | 0 | G | T | 8.8% | 830.4 / 36.1 | 226 | V226V (GTG→GTT) | ycdT | diguanylate cyclase, membrane‑anchored |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (116/90); new base T (13/7); total (129/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
ACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTCAGTGCGCTAC > CP009273/1088862‑1089157 | acaTTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTAtt > 1:779388/1‑149 (MQ=255) acaTTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGAtt > 1:2930118/1‑149 (MQ=255) agtGCCGAGTTAACCAATGAACATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGc < 2:3854008/147‑1 (MQ=255) aTTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGc > 2:3552418/1‑149 (MQ=255) cGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCttttt > 2:4625479/1‑149 (MQ=255) gAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTtg > 1:1849611/1‑149 (MQ=255) ttAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGc < 1:4585974/149‑1 (MQ=255) cAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTAc > 1:4746211/1‑149 (MQ=255) aaTGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACt > 1:4773451/1‑149 (MQ=255) aaTGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACt > 2:3502288/1‑149 (MQ=255) aTGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTg > 2:2605871/1‑149 (MQ=255) aTGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTg > 1:863059/1‑149 (MQ=255) gAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTa < 2:3705212/149‑1 (MQ=255) aaTGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACaa < 1:1709441/149‑1 (MQ=255) aaTGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACaa > 2:502628/1‑149 (MQ=255) tGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAata < 2:1737202/149‑1 (MQ=255) gTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATAtc < 1:3552418/149‑1 (MQ=255) tCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATAtct > 2:4158813/1‑149 (MQ=255) 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tttgAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttat < 2:3950652/146‑1 (MQ=255) ggAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttattt > 1:2353054/1‑149 (MQ=255) ggAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttattt > 1:3727573/1‑149 (MQ=255) ggAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttattt > 1:3727519/1‑149 (MQ=255) gAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttattta < 1:267976/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |