| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,099,528 | C→A | 12.8% | S41Y (TCT→TAT) | csgB → | curlin nucleator protein, minor subunit in curli complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,099,528 | 0 | C | A | 12.8% | 946.2 / 73.7 | 286 | S41Y (TCT→TAT) | csgB | curlin nucleator protein, minor subunit in curli complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (136/113); new base A (14/23); total (150/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
ATGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTTCATTTAATCAGGCAGCCATAATTGGTCAAGCTGGGACTAATAATAGTGCTCAGTTACGGCAGGGAGGCTCAAAACTTTTGGCGGTTGTTGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGACAGGAGATTATAACCTT > CP009273/1099380‑1099676 | aTGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGAGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTCGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTc > 1:3288381/1‑149 (MQ=255) tGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCt > 1:355988/1‑149 (MQ=255) aCGACCAGGTCCAGTGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTTCa < 1:4055178/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |