| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,106,953 | C→A | 19.9% | A212E (GCG→GAG) | opgH → | membrane glycosyltransferase; nutrient‑dependent cell size regulator, FtsZ assembly antagonist |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,106,953 | 0 | C | A | 19.9% | 705.1 / 120.4 | 256 | A212E (GCG→GAG) | opgH | membrane glycosyltransferase; nutrient‑dependent cell size regulator, FtsZ assembly antagonist |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (108/97); new base A (25/26); total (133/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
CAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGATATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTACTGTTCTGTTGGGTGTCCGCCGGATTCTGGACGGCGTTAATGGGCTTCCTGCAACTGCTTATTGGTCGCGATAAATACAGTATATCTGCGTCAACAGTTGGCGATGAACCATTAAACCCGGAGCATCGCACGGCGTTGATCATGCCTATCTGTAACGAAGACGTGAACCGTGTTTTTGCTGGC > CP009273/1106805‑1107101 | aGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGATATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTACTGTTCTGTTGGGTGTCCGCCGGATTCTGGACGGCg > 1:2965820/1‑149 (MQ=255) ggTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGATATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTACTGTTCTGTTGGGTGTCCGCCGGATTCTGGACGGCGtt < 1:1948561/149‑1 (MQ=255) gTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGATATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTACTGTTCTGTTGGGTGTCCGCCGGATTCTGGACGGCGTTa > 1:2370312/1‑149 (MQ=255) 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tCCTATGGATATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTACTGTTCTGTTGGGTGTCCGCCGGATTCTGGACGGCGTTAATGGGCTTCCTGCAAc > 2:831997/1‑149 (MQ=255) tATGGATATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTACTGTTCTGTTGGGTGTCCGCCGGATTCTGGACGGAGTTAATGGGCTTCCTGCAACTGc > 2:2748842/1‑149 (MQ=255) aTGGATATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTACTGTTCTGTTGGGTGTCCGCCGGATTCTGGACGGAGTTAATGGGCTTCCTGCAACTGCt < 2:1717464/149‑1 (MQ=255) ggATATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTACTGTTCTGTTGGGTGTCCGCCGGATTCTGGACGGCGTTAATGGGCTTCCTGCAACTGCTTa < 2:3325462/149‑1 (MQ=255) gATATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTACTGTTCTGTTGGGTGTCCGCCGGATTCTGGACGGCGTTAATGGGCTTCCTGCAACTGCTTAt > 1:4590412/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |