Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,139,402 | C→A | 89.8% | R141L (CGC→CTC) | rne ← | fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA‑binding protein/RNA degradosome binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,139,402 | 0 | C | A | 89.8% | 762.9 / 74.1 | 286 | R141L (CGC→CTC) | rne | fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA‑binding protein/RNA degradosome binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/15); new base A (119/137); total (134/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
TGTTTCAGACGGAAGCTTAAATCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCAACACA > CP009273/1139255‑1139548 | tttCAGACGGAAGCTTAAATCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGagag > 1:846110/1‑149 (MQ=255) tCAGACGGAAGCTTAAATCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGaa < 1:3447121/149‑1 (MQ=255) tCAGACGGAAGCTTAAATCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGaa < 1:1928567/149‑1 (MQ=255) 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aaaTCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCcgcgcg < 1:1078632/149‑1 (MQ=255) aaTCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCcgcgcgc > 1:3677851/1‑149 (MQ=255) aTCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCcgcgcgcg > 1:3521242/1‑149 (MQ=255) tCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGAGACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCgg > 2:84113/1‑149 (MQ=255) tCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCGTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCGTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCgg > 2:554967/1‑149 (MQ=255) cccATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCggg > 2:1667314/1‑149 (MQ=255) ccATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGgt < 2:3276899/149‑1 (MQ=255) ccATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGgt < 1:3465638/149‑1 (MQ=255) cATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGTCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGgtt < 1:3585917/149‑1 (MQ=255) cATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGgtt < 1:670461/149‑1 (MQ=255) 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ggTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTcc < 2:1405514/149‑1 (MQ=255) ggTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTcc < 1:827623/149‑1 (MQ=255) gtcgtcGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCt > 1:305382/1‑149 (MQ=255) tcgtcgCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTg > 2:1681920/1‑149 (MQ=255) tcgtcgCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTg > 1:407092/1‑149 (MQ=255) cgtcgCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCGTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGa > 1:4649322/1‑149 (MQ=255) gtcgCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGAc < 1:531474/149‑1 (MQ=255) tcgCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGAcc > 2:1910378/1‑149 (MQ=255) ccTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTc < 1:3812044/149‑1 (MQ=255) cTTCGCTACGGAGATAAATGCCCCCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCCGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCa < 2:435120/149‑1 (MQ=255) 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cGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCAacac > 2:4021188/1‑149 (MQ=255) ggCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCAAcaca > 1:4332976/1‑149 (MQ=255) | TGTTTCAGACGGAAGCTTAAATCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCAACACA > CP009273/1139255‑1139548 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |